يعتبر الميكروويف وسيلة سريعة لتسخين الطعام، لكن بعض الأطعمة يجب تجنب تسخينها فيه لتفادي فقدان قيمتها الغذائية أو تكوين مواد ضارة. ينصح بعدم تسخين البيض مباشرة في الميكروويف لتجنّب انفجاره، ويفضل تسخينه في ماء ساخن. كما يجب تجنب تسخين حليب الأم وأطعمة الأطفال في الميكروويف بسبب التسخين غير المتساوي الذي قد يسبب بقعًا ساخنة. لا يُنصح أيضًا بتسخين الخضراوات الورقية (كالسبانخ والكرفس) بسبب تحول النترات إلى مواد ضارة، ولا يُفضل تسخين الفطر في الميكروويف لتلف البروتينات، ولا تسخين الزيوت النباتية (كالزيتون وزيت الكتان) لتأكسدها. يسرع الميكروويف من فقدان فيتامين C ويدمّر قوام الفواكه المجمدة، كما أن الأرز قد يحتوي على بكتيريا مقاومة للتسخين تسبب تسممًا. كذلك، تتكون نواتج أكسدة ضارة عند تسخين اللحوم المصنعة كالنقانق والسجق في الميكروويف. لذلك، يُفضل تسخين هذه الأطعمة بطرق بديلة كالفرن العادي أو الموقد أو حمام مائي للحفاظ على الصحة والقيمة الغذائية.