صنفت جامعة صفاقس في المرتبة 47 ضمن أحسن جامعات عربية والمرتبة 2008، عالميا، والمرتبة الأولى تونسيا، وذلك حسب تصنيف "ويبومتريك" العالمي للجامعات، من مجموع 31135 جامعة عربية. وتقدمت على جامعة صفاقس جامعات سعودية وقطرية وإماراتية مصرية وأردنية ولبنانية وفلسطينية ومغربية وجزائرية وجاء ترتيب مؤسسات تعليم عال تونسية أخرى على النحو الآتي: تونس المنار في المرتبة 101 وجامعة تونس في المرتبة 125 وجامعة قرطاج في المرتبة 132 وجامعة المنستير 147) وجامعة سوسة 179 وجامعة منوبة (199) وجامعة قابس 212) وجامعة القيروان (252) وجامعة جندوبة (260) وجامعة قفصة 264) والمعهد العالي لإطارات الطفولة (275) والمدرسة العليا للفلاحة بالكاف (268) والمدرسة الوطنية للمهندسين بتونس (325) ومؤسسة البحث والتعليم العالي الفلاحي (329) وجامعة تونس الافتراضية (346) وجامعة الزيتونة (542) ومعهد الصحافة وعلوم الإخبار (667). وهنّأت وزير التعليم العالي والبحث العلمي ألفة بنعودة جامعة صفاقس بمناسبة حصولها على المرتبة 47 من ضمن أحسن جامعات عربية. وقالت في رسالة تهنئة نشرتها الوزارة مساء اليوم "أتقدم إليكم وإلى كافة إطار التدريس والبحث وكل القائمين والعاملين بالمؤسسات التابعة لجامعة صفاقس بخالص التهاني وكل عبارات التشجيع للجهود المتميزة في بناء الجامعة التونسية وتبوئها أحسن المراتب ومساهمتكم في تطوير منظومة التعليم العالي والبحث العلمي". يشار إلى أنّ جامعة تونس المنار صنّفت حسب تصنيف شنغهاي الدولي للجامعات، ضمن المجموعة (901 إلى 1000). وكانت جامعة تونس المنار أوّل مؤسسة تعليم عال تونسية تجد مكانها ضمن ترتيب الجامعات في العالم سنة 2018، منذ تأسيس تصنيف شنغهاي الدولي سنة 2003. وتقدمت عليها 4 جامعات سعودية ضمن 500 جامعة الأولى في العالم، وجامعتان مصريتان.