دعا الشيخ فريد الباجي أنصار حركة النهضة إلى الفصل عن ما وصفهم بالسلفية التكفيرية معتبرا أن تمسك عددا من أنصار النهضة بهذا التيار سيؤدي إلى انتحار الحركة والقضاء على نفسها بنفسها على حد تعبيره. وفي حوار عبر إذاعة شمس أف أم قال الشيخ فريد الباجي "أرفض أن أتولى منصب مفتي الجمهورية أو أي منصبا آخر" معتبرا أن السياسة لا تدار إلا "بالقذارة مهما كانت المرجعية" في سياق آخر اعتبر فريد الباجي أن رئيس حركة نداء تونس الباجي قائد السبسي "داهية ورجل دولة" رغم اختلافه معه في المقابل صرح أنه "لن ينتخب نداء تونس ولن يدعو لانتخابه".