تميزت المؤسسات الجامعية الراجعة بالنظر الى جامعة المنستير بتعاونها الكبير مع مؤسسات جامعية فرنسية. ومن أبرز مظاهر هذا التعاون وجود اشراف مزدوج على أطروحات الدكتوراه بين 4 مؤسسات تابعة لجامعة المنستير وهي كلية العلوم، المدرسة الوطنية للمهندسين، المعهد العالي للبيوتكنولوجيا وكلية الصيدلة وبين 52 مؤسسة أجنبية أغلبها من فرنسا نذكر من بينها كليات ومدارس عليا بباريس بمختلف أرجائها ومدن ليون، مرسيليا، تولوز، بوردو، تولون، مونبيلي، قرونوبل، سانت اتيان نانت، نانسي، ليل، ستراسبورغ، ليموج، روان ولوهافر. لئن كان نصيب كل مؤسسة جامعية تونسية في حدود 69 أطروحة لكل من المدرسة الوطنية للمهندسين والمعهد العالي للبيوتكنولوجيا و65 لكلية العلوم مقابل 21 فحسب لكلية الصيدلة فإن أكبر نصيب من الأطروحات للطرف الأجنبي كان لكلية كلود برنار بليون I ب24 أطروحة نالت منها كلية العلوم بالمنستير 12 أطروحة وكلية الصيدلة 6 والمعهد العالي للبيوتكنولوجيا 5 ثم تأتي من بعدها كلية البحر الأبيض المتوسط بمرسيليا ب19 أطروحة من بينها 10 مع المدرسة الوطنية للمهندسين بالمنستير في حين يحتل المعهدان العاليان للبيوتكنولوجيا وجوزيف فوريه بقرونوبل المرتبة الثالثة من حيث حجم هذا التعاون الدولي ب17 أطروحة اشتركا فيها بالخصوص مع كلية العلوم والمعهد العالي البيوتكنولوجيا والمنستير وهي نفس المرتبة من حيث حجم التعاون للمدرسة الوسطى والمعهد الوطني للعلوم التطبيقية بليون اللذين وجها اهتماماتهما الى كلية العلوم والمدرسة الوطنية للمهندسين بالمنستير علما وأن توأمة تربط بين ولاية المنستير ومنطقة الرون آلب بفرنسا تضمن تعاونا وثيقا بين الجهتين في ميادين التعليم العالي والتكوين المهني في قطاع النسيج والفلاحة.