أعلن السيد مبروك البحري الخميس 3 فيفري 2011 عن استقالته من رئاسة المنظمة الفلاحية وذلك خلال اجتماع المجلس المركزي للاتحاد. وتمثل هذه الاستقالة قرارا شخصيا ينبع من الحرص على الحفاظ على استمرارية عمل المنظمة التي تتجاوز تمثيليتها الأشخاص باعتبارها منظمة كل الفلاحين والبحارة. وقد اتخذ السيد مبروك البحري هذا القرار رغم تمسّك اعضاء المجلس المركزي المجتمعين يوم 21 جانفي 2011 بشخصه لمواصلة رئاسة المنظمة. وأمام حالة الفوضى والتجاوزات التي أثارتها بعض الأطراف فقد قام السيد مبروك البحري على امتداد الفترة المنقضية بالاتصال بممثلين عن الأطراف المعارضة المتواجدة على رأس المنظمة وذلك قصد التنسيق معها لتكوين لجنة وطنية لتسيير الاتحاد وعقد مؤتمر وطني استثنائي في ظرف لا يتجاوز ثلاثة أشهر. وفي ظل رفض هذه الاطراف للنقاش والحوار فقد طلب السيد مبروك البحري من المجلس المركزي للاتحاد الاجتماع بصفة استثنائية يوم الخميس 3 فيفري 2011 لتقديم استقالته في اطار الالتزام بالقانون الأساسي للاتحاد. وبعد انطلاق اشغال هذا الاجتماع وتقديم السيد مبروك البحري استقالته امام المجلس المركزي اقتحمت أطراف خارجية مقر الاتحاد عن طريق العنف الشديد مستعملة أسلحة بيضاء هددت بها كافة الحاضرين في هذا الاجتماع الذي انقطع دون مواصلة النقاش حول مستقبل المنظمة الفلاحية والآليات الكفيلة بضمان استمرارية عملها في إطار القانون والشرعية.