تزخر ولاية جندوبة بموارد طبيعية هامة منها بالخصوص خصوبة التربة في مناطق السهول والتي لها قابلية لمعظم الزراعات وكذلك ثروة مائية هائلة تمثل حوالي ربع الموارد الوطنية وتكون جندوبة بذلك خزانا للمياه بالبلاد التونسية: 362 مليون م3 من الموارد المائية المعبّأة عن طريق 4 سدود كبرى و17 سدا تليا و39 بحيرة جبلية وآبارا عميقة وسطحية. وهذه الموارد المائية وبقدر أهميتها فإن المواطن بالجهة لم ينل حظّه من المياه الصالحة للشراب بالشكل الكافي لم تنل المناطق السقوية والفلاحة عامة حظّها أيضا فظهرت الانقطاعات لمياه الريّ بمناطق مختلفة وخاصة في فصل الصيف وما أدخله من اضطراب عند الفلاحين فكيف لجهة لها مخزون مائي كهذا ويعطش سكانها وأراضيها وتصبح امكانية الحصول على الماء هاجسا كبيرا. وإذا كانت السدود وقنوات تمرير مياه الشرب والري تقف سببا في هذا الواقع فإن طريقة استغلال البحيرات الجبلية والسدود التليّة محل تساؤل ذلك أن الاستغلال للبحيرات لم يكن بالشكل الكافي إن لم نقل ينعدم في عديد المناطق بسبب طاقة خزنها للمياه أولا والتي لا تفي بحاجيات الاراضي المجاورة لها وكذلك خلوّها من المياه في المواسم قليلة الأمطار هذا بالاضافة الى غياب الحوافز التشجيعية لصغار الفلاحين أمام ارتفاع تكلفة خراطيم ايصال مياه الري والمحرّكات وهو ما خلق نفورا عند الفلاحين وعدم تحمّسهم للنشاط الفلاحي. ولعل ضرورة تفعيل دور البحيرات والترفيع من طاقة استيعابها للمياه بتوسيعها وتشجيع الفلاحين على استغلالها يكون عاملا أساسيا في تحسين الانتاج الفلاحي وتطويره.