تؤكد الدراسات العلمية أن جزيرة قرقنة هي أكثر الجزر بالبحر الأبيض المتوسط المهددة بزحف البحر وتآكل سواحلها بسب المتغيرات المناخية والانحباس الحراري. وقد أبرزت بعض الدراسات العلمية البيئية الموثوق بها أن الأرخبيل قد يندثر جزء من يابسته خلال 2030 في صورة عدم حماية الأرخبيل بأشغال توقف تقدم البحر على حساب المساحة الترابية للجزيرة المقدرة 150 كلم مربعا.