أشارت بعض وثائق مكتب التحقيقات الفيدرالي الامريكي المفرج عنها الى ان الرئيس جورج بوش اجاز بعض وسائل التعذيب في العراق وغوانتانامو وبالرغم من أن البيت الابيض نفى ذلك، الا ان الوثائق تشير مباشرة باصابع الاتهام للرئيس بوش. وحسب هذه الوثائق فإن بوش اصدر امرا تنفيذيا اجاز فيه اللجوء الى اساليب معينة غير انسانية في استجواب المعتقلين ومنها حرمان المعتقلين من النوم واجهادهم وتخويفهم بالكلاب البوليسية وما الى ذلك من الاساليب الوحشية. ومن الوثائق المفرج عنها رسالة الكترونية مؤلفة من صفحتين يقول اتحاد الحريات المدنية انها تذكر صراحة الامر التنفيذي للرئيس بوش الذي يسمح فيه باستخدام تلك الاساليب القذرة والتي تعدت كل الحدود المتعارف عليها في اوساط مكتب المباحث الفيدرالي. وتكشف الوثائق عن وجود انتهاكات خطيرة لحقوق المعتقلين، وتتضمن الوقائع خنق المعتقل وضربه ووضع اعقاب السجائر في فتحات الاذنين واستخدام وسائل استجواب غير مصرّح بها. غير أن وسائل التعذيب هذه تعدّت المعتقلين في العراق الى معسكر غوانتانامو في كوبا، حيث يؤكد محققون من مكتب التحقيقات الفيدرالي (FBI) أنهم شاهدو معتقلين معلقين بالسلاسل في اوضاع غير انسانية لاكثر من 24 ساعة وقد تركوا يتبولون على أنفسهم. وقال احد المحققين انه شاهد احد المعتقلين وقد نتف اكثر من نصف شعره بشكل هستيري. وتشير وثيقة اخرى الى ان احد معتقلي غوانتانامو قابع ارضا وقد لفّ جسده بعلم اسرائيل، امعانا في الاذلال اضافة الى اجبار معتقلين آخرين على مشاهدة الجنس. وتؤكد الوثائق ايضا ان هناك عمليات تعتيم وتغطية على وسائل التعذيب والمسؤولين عنها. وقد وجه ضابط من ال «أف بي اي» رسالة عاجلة الى روبرت مولر مدير مكتب التحقيقات الفيدرالي بتاريخ 24 جوان 2004 ولم تصدر ردود فعل الا بالامس حين اعلن البيت الابيض انه سيحقق في ادعاءات اتحاد الحريات المدنية.