في صيف 1865، بدأت الحكومة الفرنسية تمارس ضغوطا كبيرة على محمد الصادق باي وترسل له تهديدات مبطنة باقتحام البلاد بحجة أن الثوار والمتمردين كثيرا ما يهاجمون أملاك الفرنسيين سواء في المدن التونسية أو في الجزائر الواقعة تحت الاستعمار الفرنسي. وسوف يدرك المؤرخون فيما بعد ببساطة أن فرنسا لم تعد تراهن على الثورة ولا على علي بن غذاهم للضغط على الباي، بل أصبحت تخطط وتدفع باتجاه البحث عن مبررات لاستعمار تونس. في الأثناء، لم تعد فرنسا تعتبر مصطفى خزندار سوى عقبة صغيرة يمكن توظيفه أو مجاراته مؤقتا من أجل الغرض الحقيقي وهو استعمار تونس، فتركوه يتصرف على هواه فعمل على توطيد سلطته على الباي والبلاد. جاء ذلك إثر تمرد في وحدة عسكرية في حلق الوادي فتمكن من إخمادها بسرعة وعنف واستغلها للانتقام من كل ضباط الجيش الذين لا يخضعون له وتسمية رجاله في مختلف مستويات الجيش وخصوصا تسمية صهره الجنرال رستم وزيرا للداخلية والجنرال زروق وزيرا للحربية، وعزل عددا كبيرا من الموظفين ليعين بدلهم أشخاصا مقربين منه. ولما أحكم الخزندار سلطته على البلاد وخصوصا الجيش، كانت الثورة قد أُخمدت تماما، وخضعت أغلب القبائل بعد أن سجن زعماؤها وأهينوا بالضرب والتعذيب في قصر باردو أمام حريم السلطان والصبيان في مشاهد أريد لها أن تكون إمعانا في إذلال هؤلاء الثائرين. بقيت للتونسيين من تلك الأحداث الرهيبة عدة قصص يختلط فيها الخيال بالحقائق وقصص التعذيب والانتقام بالسلطة التي أصبحت رمزا للظلم والقهر. لم يعد حول علي بن غذاهم سوى بعض المقربين منه وبدا أكثر من أي وقت مضى محاصرا تماما عاجزا حتى عن الهرب إلى أنصاره في الجزائر لأن الحكومة الفرنسية لم تعد ترغب في المراهنة عليه أو المفاوضة من أجله مع الباي. لكن قصة القبض عليه هي التي تحير المؤرخين حتى اليوم، رغم اتضاح أهم عناصرها وهي ضغط قادة الطرق الصوفية وخصوصا الرحمانية عليه لوقف التمرد وطلب الصفح من الباي لحق دماء المسلمين، وكذلك ما يمكن تسميته الغدر الفرنسي به إذ أن فرنسا قد ساهمت بقدر كبير في تقديمه على طبق من الفضة إلى جيش الباي في شهر فيفري 1866. سوف نجد معلومات غامضة لتعلقها بالدور الفرنسي في هذه المسألة، عن طرق تسليم علي بن غذاهم وعدد من رجاله إلى جيش الباي. من الواضح أن بن غذاهم كان يظن أنه سوف يلتقي الباي، وأنه ربما سوف يوبخه أو يلومه على ما جرى، وأن أسوأ الاحتمالات هو أن يجبره على طلب العفو، لأن زعماء الطرق الصوفية أوهموه أن المطلوب في تلك المرحلة هو وضع حد للتمرد وحقن دماء الناس وإعادة السلم إلى البلاد. لاشك أن علي بن غذاهم لما وقع بين أيدي عسكر الباي واستحكموا منه، قد فوجئ بالقدر الكبير من الحقد الذي يكنونه له وعن استعدادهم الكبير لإذلاله أضعاف ما فعلوه في حق بقية زعماء القبائل الذين وقعوا بين أيديهم قبله. كان علي بن غذاهم يمثل رمز تمرد سكان عمق البلاد والأرياف على صلف وغرور سكان المدن من الأتراك والمماليك، حتى أن عسكر الباي ورجاله عندما أمسكوا به عرضوه على حريم القصر والأطفال لكي يسخروا منه وفق مقولات أعدوها سلفا إمعانا في إهانة ثورة البدو على الأتراك.