عن رؤيته لنتائج الاستفتاء بحظر بناء مآذن المساجد في سويسرا يقول ضيف برنامج "حديث اليوم" الامين العام لمجمع العلوم الاسلامية: اذا كان الانسان خائفا على وطنه فمن حقه ومن حق حكومته بان يدفعوا اي ضرر لضمان امن المجتمع، ويضيف "وانا اتسائل اي ضرر على المجتمع السويسري من وجود هذه المآذن؟ .. الا انها تخلق فتنة داخل المجتمع ودعوة الى التعصب .. ودعوة الى القانون الذي يدعو الى حقوق الانسان في حرية العقيدة ... فاين هي حرية العقيدة التي تنادي بها اوربا في هذا القرار؟". وعن توقيت اجراء الاستفتاء يعتقد علي عبد الباقي ان "التوقيت ليس مناسبا لا الان ولا بعد الان لان العقيدة حياة الانسان او هي جزء من حياته.. فالانسان بلا عقيدة كان لا حياة له، ولذلك انا اتسائل هل يجوز ان نستفتي او نجري استفتاءا على قتل انسان او ابقاءه حيا على الوجود؟ ... ان ذلك لا يجوز". ويواصل الامين العام لمجمع العلوم الاسلامية انه "اذا اجرينا مثل هذا الاستفتاء في مصر او في الدول الاسلامية على هدم ابراج الكنائس في العالم الاسلامي فماذا ستكون النتيجة ؟ .. ستكون عالية جدا ... فهل سنقوم بهدم الكنائس في العالم الاسلامي؟ .. ان ذلك لا يليق لان احترام عقيدة غير المسلم يجب ان يكون احتراما كاملا.. فعندما اهدم دور العبادة لغير المسلمين ذلك يعني ان احترام العقيدة غير كامل ... العقيدة نفسها لا اسئ لها والدين كذلك لا اسئ له .. وكذلك لا اسئ لاتباع ذلك الدين .. لا اسئ الى رموز الدين من دور العبادات ولابد من الحفاظ على الكل كجزء واحد". روسيا اليوم