"جمال الدين الأفغاني" شخصية يسودها الكثير من الغموض كما تتصف بالثورة و "التمرد" جعل الجميع يلصق بهه التهم الخطيرة فبعظهم يقول أنه "ماسوني"، و آخرون يرون بأنه "شيعي" و قد ألقى بعض الدعاة و المهتمين بالحركات الإسلامية و منهم الدكتور بشير نافع باحث في الفكر الإسلامي و الشيخ راشد الغنوشي زعيم حركة النهضة التونسية الضوء على هذه الشخصية الفذة التي لعبت أدوارا عديدة في حركة الإصلاح الديني و السياسي، ذلك في حصة "تأملات في الدين و السياسة" التي تبثها قناة "الحوار" الفضائية.. يرى الدكتور بشير نافع باحث في الفكر الإسلامي أن شخصية جمال الدين الأفغاني لم تكن شخصية هادئة من خلال كثرة الإصطدامات مع الذين حل عندهم، ومنهم الخديوي اسماعيل، السلطان عبد الحميد و نصر الدين شاه، و كان الأفغاني شخصية متمردة و كثير الأسفار، و علاقاته غالبا ما كانت غير مكشوفة، فاستخدمت حالة الغموض هذه ضده، حيث التصقت به التهم لدرجة أن بعضهم اتهموه بالإنتماء الى المحفل "الماسوني"، وآخرون قالوا عنه أنه "شيعي" ، أما الشيخ الغنوشي فكان له رأي آخر، يقول راشد الغنوشي رئيس حركة النهضة التونسية، أن أول قضية حملها جمال الدين الأفغاني نفخ روح جديدة في الأمة ضد الإستعمار، و كان دئما في المواجهة و هذه الصفات جعلت منه " ثائرا" لأن الطريق الذي شقه الأفغاني يضيف الغنوشي كان جديدا وعسيرا، كانت فيه الأمة تعيش بين تيارين: "الجمود" و "التغرب" التي عمل الإحتلال على نشرها، و يعتبر الأفغاني في رأي الغنوشي الرائد الأكبر لما يسمونه اليوم بالإسلام السياسي أو الوسطية السياسية.. يقول الغنوشي أن جمال الدين الأفغاني كان فعلا رجل "متمرد" ، لكن على ما هو قائم من فكر و جمود و على أنظمة الإحتلال، و من الطبيعي حسب راشد الغنوشي أن يكون الأفغاني محل تآمر و مكروه من طرف قوة التغريب، التي عرضته لنيرات صديقة و عدوّة، و نفى رئيس حركة النهضة التونسية أن يكون الشيخ جمال الدين الأغاني "ماسونيا" أو ينتمي الى المذهب "الشيعي" كما قيل فيه، لأنه كان ناقدا للفكر الإنساني التنويري الذي يلتقي مع الفكر الماسوني، و من الخطأ أن توجه لمثل هذا الرجل هكذا تهم ، كما أنه من الخطر بمكان أن تنتسب فكرة "المستبد" إلى الأفغاني و محمد عبده، فقد حمل الرجلان فكرة الإصلاح للعودة إلى نموذج الخلافة الراشدة و تطبيق مبادئ الإسلام الحنيف..
