انتقد حقوقيون ونشطاء تونسيون عدم الفصل بين منصب رئاسة الدولة ورئاسة المجلس الأعلى للقضاء في تونس، واعتبروا استمرار التلازم بين المهمتين خدش في استقلالية المؤسسة القضائية والحكم عليها بالتبعية للسلطة التنفيذية. جاء ذلك عشية إشراف الرئيس التونسي زين العابدين بن علي، على افتتاح السنة القضائية الجديدة. وامتدح قضاة تونسيون، ما قالوا إنه "تدعيم القضاء في عهد الرئيس"، وتحدث المنجي الأخضر الرئيس الأول لمحكمة الاستئناف بتونس في جلسة افتتاح السنة القضائية التي حضرها الرئيس عن ما وصفه ب "التطوير الذي لحق بمجال القضاء، وخصوصا ما يتصل منه بتقريب القضاء من المتقاضين وتحديث العمل الإداري للمحاكم، وجعله يستجيب للنقلة النوعية التي عرفتها المنظومة القضائية في السنوات الأخيرة". مشيرا إلى ما تم إصداره من قوانين وصفها أنهامن أجل "تطوير الرصيد التشريعي وإثرائه". كما تحدث في الجلسة الافتتاحية محمد الحبيب يوسف، الوكيل العام لدى محكمة الاستئناف بتونس قبل أن يترك المجال لأيناس معطر، القاضية بالمحكمة الابتدائية، لإلقاء محاضرة بعنوان "دور القضاء في تجسيم مبادئ مجلة الأحوال الشخصية". يأتي ذلك فيما تستمر أزمة جمعية القضاة التونسيين بين الحكومة والقضاة، والتي كان آخرها منع السلطات التونسية للقاضية وسيلة الكعبي من السفر إلى العاصمة المجرية بوخاريست للمشاركة في المؤتمر العالمي للقضاء، وهي قضية كلف لها الاتحاد العالمي للقضاة رئيسة المجموعة الأفريقية بالاتحاد القاضية فاطوماتا دياكيتي بزيارة تونس لتقصي الحقائق في أسباب المنع. كما أجرى رئيس الاتحاد العالمي للقضاة، اتصالا بالقاضية الممنوعة من السفر، معبرا عن دعمه وتأييده لها. ويشكك محامون وقضاة ونشطاء حقوقيون في استقلالية القضاء التونسي، وينتقدون السلطة التنفيذية بالسيطرة على القضاء، واستخدامه لتصفية خلافات سياسية مع خصوم النظام الحاكم. وكان القاضي التونسي المعروف مختار يحياوي قد فُصل من منصبه في القضاء في كانون الأول (ديسمبر) عام 2001، بعدما وجَّه رسالةً مفتوحةً إلى الرئيس زين العابدين بن علي، دعا فيها إلى احترام المبدأ الدستوري الخاص باستقلال القضاء، قبل أن يتعرض للضرب والاعتقال أكثر من مرة بسبب نشاطه ضمن مؤسسات المجتمع المدني، المطالبة بإطلاق سراح المساجين السياسيين في تونس.