بعد مصادقة مجلس نواب الشعب على قانون المجلس الأعلى للقضاء أصدر المكتب التنفيذي لاتحاد قضاة محكمة المحاسبات بلاغا جاء فيه أنه «إيمانا منه بحتمية المرحلة التي يمر بها القضاء من أجل تحقيق استقلاله، وبعد تسجيله مصادقة مجلس نواب الشعب على القانون المتعلق بالمجلس الأعلى للقضاء الذي يعتبر منعرجا خطيرا في مسار بناء سلطة قضائيّة مستقلّة، يشدد المكتب التنفيذي لاتحاد قضاة محكمة المحاسبات على رفض كلّ ما من شأنه أن يمسّ من استقلال السلطة القضائية تكريسا لدولة القانون واحتراما لمقتضيات الدستور، مع تحفظه على التغييرات التي تمّ إدخالها على مشروع النصّ والتي تكرّس تبعيّة السلطة القضائية». واستغرب المكتب التنفيذي للإتحاد من عدم الأخذ بالمقترحات المقدّمة من قبل مختلف الهياكل الممثلة للقضاة، مستنكرا طريقة التداول والتصويت على فصول القانون من قبل أعضاء مجلس نواب الشعب. ودعا اتحاد قضاة محكمة المحاسبات إلى ضرورة توحيد الموقف من قبل مختلف الهياكل الممثّلة للقضاة قصد التفكير في سبل مجابهة هذا التوجّه نحو التراجع عن مبدإ استقلال السلطة القضائية.