يعد اللجوء إلى الموارد المائية غير التقليدية على غرار تحلية المياه الجوفية العميقة ومياه البحر وإعادة استغلال المياه المعالجة مصادر جديدة للتعبئة وأحد الحلول التي تعتمد عليها تونس لرفع تعبئة الموارد المائية. فقد ضبط برنامج طموح لتحلية المياه والاستجابة إلى الطلبات المتزايدة سواء كانت متأتية من التزايد السكاني أو النمو الاقتصادي لكل القطاعات خاصة منها مياه الشرب وذلك لتحقيق الموازنة بين العرض والطلب إلى أفق 2030 حيث ستبلغ طاقة الإنتاج 7% من الاحتياجات وهي الآن في حدود 4%. ويتضمن هذا البرنامج: 1- تحلية المياه الجوفية المالحة: - تحسين نوعية مياه الشرب بالمناطق ذات درجة ملوحة تفوق 2 غ/ل عبر إنجاز 10 محطات بسعة جملية تقدر ب 36.2 ألف م3/ اليوم لفائدة ولايات توزر وقفصة وقبلي وقابس ومدنين. - تحسين نوعية مياه الشرب بالمناطق ذات درجة ملوحة تتراوح بين 1.5 و 2 غ/ل عبر إنجاز 8 محطات تحلية بسعة جملية تقدر ب 40 ألف م3 / اليوم لفائدة ولايات سيدي بوزيد وقبلي ومدنين. - إنجاز محطة تحلية ببن قردان بسعة 2000 م3 /اليوم. 2- تحلية مياه البحر: - إنجاز محطة لتحلية مياه البحر بجربة ذات طاقة 50 ألف م3/ اليوم تدخل طور الاستغلال سنة 2012 عن طريق لزمة. - - إنجاز محطة لتحلية مياه البحر بقابس (الزارات) ذات طاقة 50 ألف م3 / اليوم تدخل طور الاستغلال سنة 2015. - - إنجاز محطة لتحلية مياه البحر بقرقنة بسعة 6000 م3 / اليوم. - - إنجاز محطة لتحلية مياه البحر بصفاقس على مراحل ذات طاقة 150 ألف م3 / اليوم تدخل الاستغلال سنة 2016. - دراسة محطات تحلية إضافية قصد مزيد تأمين مياه الشرب كما ونوعا للمناطق الكبرى بالشريط الساحلي. أما بعد سنة 2030 فقد تضمن البرنامج الرئاسي لتونس الغد القيام بدراسات استشرافية إلى أفق 2050 يتّم إنجازها قبل موفى سنة 2014 بوضع خطة استراتيجية شاملة ومتكاملة للمياه حتى ذلك الأفق مع التأكيد على الجوانب الكمية والنوعية والأبعاد الاقتصادية والتكنولوجيا والبحث العلمي والتأقلم مع التغيرات المناخية. وهنا يبرز دور مؤسسات البحث سواء كانت تابعة لوزارة الفلاحة والموارد المائية والصيد البحري وخاصة مؤسسة البحث والتعليم العالي الفلاحي والمؤسسات التابعة لها ووزارة التعليم العالي والبحث العلمي وخاصة مركز البحوث في المياه والطاقة ببرج السدرية. كما يتأكد إيجاد حلول لاستغلال مصادر الطاقة البديلة (الرياح والشمس) وتكنولوجيات التحلية من أجل إنتاج أنظمة أكثر اقتصادية وأكثر ملاءمة للبيئة.