في حلقة مثيرة على قناة البداية اقترح الدكتور يوسف الأحمد هدم المسجد الحرام بشكل كامل وإعادة بنائه من عشرة أو عشرين أو ثلاثين دوراً بحيث يؤخذ في الاعتبار الفصل بين الرجال والنساء فيه جاء ذلك خلال مداخلة هاتفية أجراها مع قناة بداية الفضائية . وأكد الأحمد : أن الاختلاط بين الجنسين في المسجد الحرام ( محرم ) موضحاً أنه يستند في ذلك إلى فتوى للمفتي العام السابق الشيخ عبدالعزيز بن باز. هذا وقد أثارث تلك المداخله حفيظة الكثير من المتابعين لها ، وأثارت جدلا واسعا حيث أتفق معظم المتابعين على عدم تأييد اليوسف فيما ذهب له . وكان الدكتور يوسف الأحمد قد أثار جدلا عندما دعا الى محاكمة أصحاب الفضائيات واصفاً الوليد بن طلال والوليد البراهيم وصالح كامل بالمفسدين وقال بأن الدولة تحاكم المهربين لقيامهم بترويج السموم والمخدرات بين شبابنا وفتياتنا ، بينما هؤلاء يجدون الحصانة ، وهم يقومون بنفس الدور الذي يمارسه مهرب المخدرات من حيث افساد الشباب ، كما أنهم يجتمعون على تنفيذ المشروع التغريبي.