رفض عدد من الساسة وعلماء الدين بمصر تهديدات تنظيم موالي ل/القاعدة/ ضد الأقباط، فيما اعتبر آخرون أن دولة الاحتلال الإسرائيلي لها أصابع خفية وراء التهديدات. ووصف الدكتور محمود عاشور عضو مجمع البحوث الإسلامية تهديدات تنظيم "دولة العراق الإسلامية" باستهداف المنشآت التابعة للكنيسة في مصر بانه يتنافى مع سماحة الدين الإسلامي. وأضاف في تصريحات نقلتها صحيفة "الوفد" المعارضة في عددها الصادر اليوم الأربعاء إن هذه التهديدات تمس المسلمين قبل المسيحيين وطالب بالانتفاض يدا واحدة لحماية وحدة الوطن. وقالت الدكتورة آمنة النصير استاذ العقيدة والفلسفة بجامعة الازهر إن هذه التهديدات جريمة لمجموعة ضالة لاتعرف الحق أو الصواب وأعربت عن أسفها لهذه التهديدات التي تلتصق بالإسلام وقالت إن الذين أطلقوها لا يعلمون شيئا عن هذا الدين. وطالب الدكتور عبد المعطي بيومي عضو مجمع البحوث الإسلامية باتخاذ كافة الإجراءات الأمنية ووصف التهديات بأنها محاولة لتملق مشاعر المسلمين. من جهته، اعتبر الدكتور عمرو هاشم ربيع الباحث بمركز الأهرام للدراسات السياسية والاستراتيجية التصريحات الأخيرة للجنرال عاموس يادلين الرئيس السابق للمخابرات الحربية الإسرائيلية بأن "مصر هي الملعب الرئيس لنشاط أجهزة المخابرات الإسرائيلية " علامة على أن إسرائيل ضالعة في هذه التهديدات. وأشار إلى أن إسرائيل نجحت في تصعيد التوتر والاحتقان الطائفي لتوليد بنية متصارعة متوترة . وأضاف ربيع في حديث لصحيفة "الوفد" أن "ضعف النظام المصري يساعد على ظهرو هذه الفتن" ، وشدد على عدم التهاون مع هذه التهديدات. يشار إلى أن يادلين زعم أن أجهزته أحدثت الاختراقات السياسية والأمنية والاقتصادية والعسكرية فى أكثر من موقع، ونجحتا فى تصعيد التوتر والاحتقان الطائفى والاجتماعى، لتوليد بيئة متصارعة متوترة دائما، ومنقسمة إلى أكثر من شطر فى سبيل تعميق حالة الاهتراء داخل البنية والمجتمع والدولة المصرية، لكى يعجز أى نظام يأتى بعد حسنى مبارك فى معالجة الانقسام والتخلف والوهن المتفشى فى مصر. إلى ذلك ، اعتبر السفير إبراهيم يسري مساعد وزير الخارجية في مصر الأسبق أنه لا يوجد شئ يسمى القاعدة ولكن هناك ايادي خفية تطلق هذه الادعاءات من أجل زعزعة الأمن والاستقرار بمصر.
