Dans un post publié cet après-midi du dimanche 25 octobre 2015, sur sa page officielle Facebook, Moncef Marzouki, a commenté les récents événements à la mosquée Sidi Lakhmi à Sfax. Des événements qu'il qualifie de « intrusion des forces de sécurité dans les mosquées comme si on était en Palestine» et qui constituent, selon lui « un phénomène inacceptable et condamnable car les mosquées ont leur caractère sacré et que les fidèles ont le droit de choisir leurs imams ». M. Marzouki ajoute que « ces tristes incidents nous rappellent la nécessité de retourner au consensus national en matière de relations entre l'institution politique et celle religieuse dans le sens où, d'un côté, l'institution politique doit respecter l'indépendance de son homologue religieuse et, de l'autre, l'institution religieuse ne doit pas exploiter les mosquées pour des activités politiques ».
La position prise par Marzouki comporte plusieurs failles. Tout d'abord, il compare les forces de sécurité tunisiennes aux troupes d'occupation israéliennes en territoires palestiniens. Ainsi, il déforme la réalité puisque les forces de l'ordre n'ont pas investi les mosquées, mais ce sont, au contraire, les partisans de Ridha Jaouadi qui font la loi à l'intérieur de la mosquée Sidi Lakhmi à Sfax, puisqu'il s'agit, finalement, de la seule mosquée où ont eu lieu les troubles. Ensuite, il prône l'indépendance de l'institution religieuse, représentée, selon lui par les imams des mosquées et non par l'autorité de tutelle. Conférant ainsi à ces imams, choisis par les prieurs selon lui, un pouvoir à part leur permettant d'agir comme bon leur semble, ce qui revient à faire régner le chaos au sein des mosquées.