Déjà impliqué dans l'affaire des caricatures du prophète Mohamed (Paix et bénédiction de Dieu sur lui) en 2006 faisant ainsi un tirage de 400 000 exemplaires au lieu des 140 000 exemplaires réguliers. Charlie Hebdo récidive avec le prochain numéro, rebaptisé «Charia Hebdo», à l'occasion de la victoire» du parti islamiste Ennahda en Tunisie, ce qui risque fort de ne pas passer inaperçu demain mercredi. En 2006 Charlie Hebdo a publié la série de caricatures de Mohamed (Paix et bénédiction de Dieu sur lui) déclenchant ainsi des protestations dans des pays à majorité musulmane après que des imams danois y avaient fait campagne contre elles. Certains voient dans cette démarche, une tentative d'augmenter l'autocensure pratiquée par des pays européens à propos de l'islam. Des organisations musulmanes françaises comme le Conseil français du culte musulman, ont demandé l'interdiction du numéro, qui contient également des caricatures de Mohamed (Paix et bénédiction de Dieu sur lui) dessinées par les collaborateurs réguliers du journal. Cette demande n'a pas abouti à cause d'un vice de procédure. Le président de la République, Jacques Chirac condamne par la suite ces « provocations manifestes ».
