Le Burundi est une république multi-partite à régime présidentiel où le Président occupe les charges de chef de l'Etat et chef du gouvernement. Le pouvoir exécutif est aux mains du gouvernement tandis que les deux chambres du Parlement (Sénat et Assemblée nationale) partagent le pouvoir législatif avec le gouvernement. Le 14 mars 2006, la ministre burundaise de la Justice, Clotilde Niragira, annonce la libération d'un dernier groupe de 1 864 prisonniers dits politiques, essentiellement des Hutus accusés de massacres de Tutsis, indiquant que « La Commission chargée d'identifier les prisonniers politiques a terminé son travail ». Ces nouvelles libérations portent à 3 299 le nombre de détenus libérés depuis janvier dans le cadre de la politique de réconciliation nationale. Une bonne partie de la société Civile a décrié cette mesure du fait que la majeure partie des personnes élargies étaient poursuivies pour des crimes inamnistiables comme le génocide. Après une décennie de guerre civile (de 1993 à 2002) et une transition de trois ans, le Burundi a organisé une série des premières élections démocratiques post-crise allant de février à août 2005. Ces élections ont été reconnues comme exemplaires par les observateurs internationaux. Cependant, certains élus sont des criminels avérés qui ont pu présenter leurs candidatures en profitant de l'immunité provisoire octroyée en violation du prescrit du droit international. Par exemple, le Président de la République Pierre Nkurunziza est un condamné à mort pour pose de mines sur la voie publique, faits ayant causé la mort de plusieurs civils. En 2010, une deuxième série d'élections ont été tenues dans un climat de terreur décrié par l'opinion nationale mais ont été validées par la communauté internationale au regard de la forme et non du fond. Ces élections ont débouché sur une situation larvaire d'insécurité surtout envers les partis de l'opposition qui se sont retirés du processus électoral. Certains leaders de ces partis ont repris le chemin de l'exil s'estimant menacés par les services secrets et la police nationale. Depuis les accords de paix d'Arusha, le système politique est fondé sur le souci de l'équilibre ethnique, qui se traduit par des quotas : si les Tutsis ont accepté de perdre le pouvoir, y compris dans l'armée, c'est en échange d'une présence garantie au gouvernement. Cette survalorisation de l'ethnie a eu pour résultat de faire reculer la problématique identitaire, remplacée aujourd'hui par une compétition politique, moins sanguinaire mais tout aussi féroce Le 22 novembre 2005, le parlement du Burundi adopte un nouveau code pénal prévoyant l'abolition de la peine de mort ainsi que des dispositions de droit international contre le génocide, les crimes contre l'humanité et de guerre. Ce nouveau code pénal marque un changement dans le domaine des droits des homosexuels puisque l'homosexualité jusqu'alors tolérée est à présent passible de prison.
