ذُكر اسم رئيس المعهد التونسي للعلاقات الدولية أحمد المناعي في الكتاب الأسود لرئاسة الجمهورية وقد اتهم فيه بالانحطاط وحتى بالشذوذ الجنسي. اتّهامات فنّدها أحمد المناعي في حوار عبر إذاعة موزاييك اليوم الاثنين 9 ديسمبر 2013، مؤكّدا أنّ 95% مما ورد في الكتاب من النسيج الخيالي المريض لقاطني قرطاج اليوم" على حدّ قوله. وقال "أنزّه المنظومة الدعائية للنظام السابق مما كتب عني في كتاب المرزوقي، مضيفا أنّ ما حزّ في نفسه هو ما كتب عن صالح كركر وعن علي السعيدي الذي عرّف بالمنصف المرزوقي". وأكّد المناعي أنّه سيقاضي المرزوقي على خلفية الاتهامات الباطلة التي وردت في كتابه، مضيفا انّ ابنه بديس المناعي سيقاضيه أيضا باعتبار أن اسمه ذكر في الكتاب. وأضاف أن الرئيس الحالي لطالما كان "متكالبا على الحكم وانه يعتقد أن الحياة لن تمر إلا بالسلطة"، حسب تعبيره. واكّد رئيس المعهد التونسي للعلاقات الدولية أن المرزوقي عرض عليه الانضمام إلى حزبه (المؤتمر من اجل الجمهورية) فطلب منه مهلة ليفكر، وهو ربما ما جعل المرزوقي يكن له الضغينة حسب قوله. ووصف أحمد المناعي أرشيف البوليس السياسي بالقنبلة النووية الموقوتة التي من شأنها أن تدخل البلاد في حالة من الفوضى إذا كشف عن محتوياته، وشدّد على انّ استعمال المرزوقي لما عهد إليه تجاوز للقانون، وأنه سيكون على رأس قائمة من سيدفعون ثمن الأحداث الجارية في سوريا ولمساهمته في السماح لآلاف المقاتلين من السفر إليها.