شهدت الوضعية المالية لوكالة الموانئ وتجهيزات الصيد البحري تدهورا ملحوظا مما حال دون قيامها بدورها في تطوير وصيانة موانئ الصيد البحري على الوجه المطلوب حسب ما أشار إليه التقرير السنوي 30 لدائرة المحاسبات. ولم تتمكن الوكالة من تجميع نسبة هامة من معاليم خدمة التزود بالماء والكهرباء وتجاوز النقص في المداخيل 660 ألف دينار أي ما يمثل نسبة 30 بالمائة من المعاليم المفوترة في المجال. وفوتت الشركة بذلك مبلغ 3ر3 مليون دينار خلال الفترة 2010 و2014. كما بلغت المستحقات غير المستخلصة 5ر9 مليون دينار سنة 2014. وفسر التقرير تراكم هذه المستحقات بعدم تمكن الوكالة من تجميع ديونها لدى وكلاء البيع بأسواق الجملة، الذين يواصلون نشاطهم رغم تجاوز ديونهم مستوى 3 مليون دينار. ودعت دائرة المحاسبات، في نفس التقرير، الوكالة إلى تنقيح التشاريع المتعلقة بسحب أو تجديد التراخيص الممنوحة إلى وكلاء البيع المخلين بتعهداتهم وتسديد ديونهم. وأكدت دائرة المحاسبات، في مقدمة تقريرها، حرصها على تفعيل دورها في مجال التأكد من أن الجهات الخاضعة لرقابتها قد بذلت ما يلزم لتدارك النقائص والإخلالات باعتبار أن العملية الرقابية تكمن أساسا في العمل على إدخال الإصلاحات الضرورية للنهوض بجودة آداء المتصرفين في المال العام والإرتقاء بمؤشرات المشروعية والمردودية والشفافية ولا يقتصر على رصد مواطن التقصير. علما أن دائرة المحاسبات قد أعدت مشروع قانون أساسي جديد يتعلق بتنظيمها واختصاصاتها والإجراءات المتبعة لديها وأحالته إلى مجلس نواب الشعب. ويتضمن مشروع هذا القانون جملة من الأحكام الجديدة من بينها جزر أخطاء التصرف وتعميم القضاء على درجتين بما يساهم في إرساء قواعد المحاكمة العادلة إلى جانب مساهمة الدائرة في مجهودات تقييم البرامج العمومية لمساعدة السلطة التنفيذية والتشريعية. ولفت تقرير المنظمة الدولية للأجهزة العليا للرقابة المالية والمحاسبة، الذي أصدرته إثر مراقبة دائرة المحاسبات سنة 2016، الى أن اكتمال استقلالية الدائرة مرتبط أساسا بتوفير الموارد البشرية والمالية الضرورية للإضطلاع بدورها في ظل توسع صلاحياتها الى مهام أخرى على غرار مراقبة تمويل الحملات الإنتخابية ومراقبة الهيئات الدستورية المستقلة والمراقبة المالية للبلديات.