في العهد الحسيني وعلى إثر الاضطرابات والتنافس الشديد على العرش تمكّن آغا الجيش (حسين بن علي) من الفوز بالحكم بمساعدة الجيش التركي وبماركة الأهالي وذلك في بداية القرن الثاني عشر للهجرة علما وأن أثناء العهد التركي كانت في باجة حامية من الانكشارية بقيت بها سلالتهم. كانت باجة في العهد الحسيني سوقا للحبوب وبها عامل يمثل سلطة البايات وقد شيّدت قلعة (قصر باردو) لينزل بها الباي في كل سنة قصد استخلاص الجباية وقد أعاد الحسينيون عمارته لتقيم به «المحلّة» ومنذ ذلك العهد بقي الإسمان متلازمين وهما الآن من أكبر الأحياء السكنية بباجة الشمالية وبهما العديد من المؤسسات التربوية والادارية والصحية ولا تزال آثار القصور على حالها تترقّب لفتة من معهد الآثار لإعادة الحياة إليها على غرار ما تقوم به ببقية الولايات. وقد قرأت بكتاب (باجة بين الأمس واليوم) للطيب الفقيه أحمد أن علي باشا بن حسين اهتمّ بقصر باردو فكلّف المهندس المعماري الباجي بلانكو الأندلسي بتجديده وتجديد الصور والأبراج فتمّ ذلك على أحسن منوال أندلسي. وكان قصر باردو من أجمل القصور لما احتوى عليه من قباب مزخرفة وجليز بديع، وسقوف مزركشة، وفوّارات عجيبة، وحدائق جميلة من بين علماء باجة في ذلك العهد: صالح المغراوي كان عالما وأديبا ترجم له في الحلل السندسية ترجمة حافلة ويوسف الامام إمام الخمس بالحاضرة ومدرّس ابني حسين بن علي الوزير محمد العربي زرّوق وأصله من أشراف باجة ولا تزال عائلته من أعرق عائلات تونس.
