وفي الأثناء كان من بقي من حكام المسلمين يتقاتلون فيما بينهم حول ما سلم من المقاطعات والسيطرة على الرعايا العزل. كان جلال الدين خوارزم الذي كان هرب من المغول عام 617 هجري يجهز نفسه للعودة إلى مملكة جده. وبعد مدة من الهرب عاد من بلاد الهند إلى خوزستان في إيران وإلى العراق، لكنه لم يعد لوضع حد لزحف المغول بل لقتال المسلمين كما سنرى. وفي عام 620 هجري، 1223 ميلادي عاد جنكيس خان نحو منغوليا ليموت بعد أربعة أعوام ويدفن في مكان سري على عادة قادة المغول مخلفا تاريخا تخجل الإنسانية من فظاعته، كما خلف أيضا أبناء سيكررون كثيرا من جرائم القتل الجماعي التي بدأها في بلاد الإسلام. وبعد موت جنكيس خان عاد قادة المغول إلى منغوليا تحت حكم ابنه «أوغوداي» حيث توقفوا عن الغزو ليهتموا بشأنهم وبتنظيم المملكة المترامية الأطراف وإخماد الثورات. وفي المقابل كان على جلال الدين خوارزم أن يقاتل الجميع ومنهم شقيقه لإعادة دولة جده. غير أن أعداءه من المسلمين كانوا أشد وطأة عليه من المغول بقطع النظر عمن كان على صواب ومن كان على ضلال. ولما استقر أمر المغول هاجموا ما بقي من مملكة خوارزم التي كانت تمثل في الحقيقة السد الوحيد أمامهم نحو قلب الخلافة بجيش كان يزداد كثرة مع تقدمهم غربا ليبلغ حوالي مليون مقاتل بعد أن انظم له الكثير من المسلمين وطالبي النهب والغنائم. توسل جلال الدين إلى أمراء المسلمين حوله لمساعدته على الوقوف في وجه المغول لكن دون جدوى وظل هاربا من قرية إلى أخرى تحوم حوله الأساطير حتى قتله الأكراد غيلة. أما المغول فقد ظلوا يتقدمون يقتلون الجميع بلا تمييز، يدمرون كل وجوه الحضارة الإنسانية التي بناها المسلمون طيلة قرون في لحظات إذ كثيرا ما ينتهون إلى إضرام النار في المدن بعد قتل وتشريد أهلها. وفي عام 651 هجري، ميلادي انطلقت الجيوش المغولية مجددا بقيادة هولاكو نحو العراق تقصد عاصمة الخلافة. كان الرعب من المغول قد بلغ مداه لدى كل الحكام على طريق المغول سواء كانوا مسلمين أو مسيحيين أو حتى بوذيين لذلك سارعوا بتقديم علامات الخضوع لجيش المغول حتى بلغ الممالك الإيرانية. لكن هولاكو كان قد قرر البدء بالقضاء على فرق الباطنية التي حالفته في السابق وخلفت الرعب في قلوب المسلمين. لم يصمد أحد في طريق هولاكو الذي كعادته خلف مجازر على الطريق ومدن مدمرة, قاتل الناس دفاعا عن الدين والشرف في مجموعات متفرقة لا قوة لها عدوا قويا لا طاقة لها به. أما الخليفة المستعصم بالله فكان يسمع عن تقدم العدو دون أن يفعل شيئا فيما كانت بغداد مشغولة بالفتنة بين الشيعة والسنة.