عندما رحل عبد العزيز الثعالبي منفيا من تونس إلى الشرق عام 1923، ولوح بمنديله الأبيض إلى آلاف الناس الذين تجمعوا في الميناء لتشييعه وهم يعتقدون أنه لن يلبث أن يعود بعد بضعة أشهر لقيادة الثورة التونسية. إلا أن نفي الثعالبي سوف يطول هذه المرة، كان اتجاهه مدينة الإسكندرية المصرية ومنها إلى القاهرة حيث كانت له علاقات وطيدة وقديمة خصوصا في المؤسسات الدينية مثل الأزهر وفي المجتمع المدني المصري الذي كان يعج بالجمعيات الأهلية وفي المؤسسات الإعلامية التي طالما رحبت بنشر مقالاته. مكث الثعالبي في مصر بضعة أشهر، التقى فيها قادة الرأي والفكر والعلم خصوصا وقد كانت مقصد الدارسين والسياسيين والمصلحين وحتى المنفيين أمثاله. ومن مصر ازداد تأكيد الثعالبي على وحدة قضية العرب وضرورة توحدهم ضد العدو الواضح وهو الاستعمار وخصوصا خطط تشويه الثقافة العربية الإسلامية. ومن مصر سافر الثعالبي إلى الحجاز، ثم طاف العديد من الأقطار العربية حتى استقر في بغداد مدرسا في الجامعة العراقية من سنة 1925 إلى 1930. ونظرا لما ظهر عليه من نبوغ في التدريس وتأطير الطلبة، فقد تم تكليفه من بغداد بالإشراف على البعثات الطلابية العراقية إلى مصر، كما مثل العراق في مؤتمر الخلافة الإسلامية في القاهرة عام 1925 الذي نظمته مؤسسة الأزهر إثر إعلان تركيا عن إسقاط نظام الخلافة. لقد حفلت تلك الفترة من حياة عبد العزيز الثعالبي بالإنجازات العلمية والسياسية وبالمجد الشرعي لزعيم ومفكر فذ، لكنها لم تخل من حسد خصوصا في العراق، مما اضطره إلى الرحيل مرة أخرى، فطاف دول الخليج وسوريا ولبنان وفلسطين، كما دعي إلى الشرق الأقصى في إطار حرصه على جمع كلمة العالم الإسلامي فزار الصين وسنغافورة وبورما والهند مقدما محاضراته عن سبل تطور العالم العربي الإسلامي وضرورة التعاون بين دوله. وسواء كان في العراق أو في مصر، فقد سبب الثعالبي مخاوف كبيرة للاحتلال الأنقليزي وخصوصا للصهيونية العالمية التي كانت في سنوات الثلاثين تحشد كل قواها لتهجير اليهود وتوطينهم في فلسطين، ورأت الصهيونية في جهود الثعالبي ومفتي فلسطين أمين الحسيني لعقد مؤتمر إسلامي عالمي لحماية القدس والمقدسات الإسلامية في فلسطين خطرا محدقا عليها وعلى مستقبل تهويد القدس. وسوف يعود الكثير من المؤرخين إلى هذه الفترة وإلى هذا المؤتمر بصفته أهم محاولة عربية إسلامية لإنقاذ فلسطين من التهويد والاحتلال، كما كان عبد العزيز الثعالبي من أهم المساهمين في تنظيم هذا المؤتمر عبر التقريب بين وجهات النظر بما جلب عليه نقمة منظمة الصهيونية العالمية.