8 أفريل 1956 انتخب رئيس مجلس التأسيسي للبلاد. حكم تونس 30 سنة و3 أشهر من بينها 13 سنة رئيسا مدى الحياة بعد أن نادى المؤتمر التاسع للحزب بذلك في مؤتمر المنستير في أكتوبر 1974. إصدار مجلة الأحوال الشخصية 13 أفريل 1956. 1962 دخوله معركة بنزرت التي دفعت تونس خلالها عددا كبيرا من الشهداء مما جعل المؤرخين يحملونه المسؤولية في التسرع وقيام عدد من العسكريين واليوسفيين بانقلاب تم الكشف عنه يوم 25 ديسمبر 1962. اصلاح التعليم والعمل على نشره في القرى والأرياف مع اقرار مجانيته واجباريته. الشروع في انشاء الأحياء العمالية. التئام مؤتمر «المصير» في أكتوبر 1964 واقرار مبدإ التعايش بين القطاعات الثلاثة الحكومي والتعاضدي والخاص بعد أن تم تغيير اسم الحزب باسم الحزب الاشتراكي الدستوري. قرار تأميم الأراضي التونسية واسترجاعها من المعمرين مما أثار غضب الجنرال ديغول وحرمان تونس من القروض وذلك في 12 ماي 1964 ورد عليه بورقيبة بعد 4 أيام بمنح قرض وطني. تفجير قنبلة يوم 3 أوت 1969 بمدينة سوسة عند زيارة بورقيبة المدينة كرد فعل معارض للتعاضد السائر نحو التعميم. دخول وسيلة بورقيبة على خط قرار التعاضد لأنها كانت ضد هذا المبدإ فيقرر بورقيبة إلغاءه بعد أن أصدرت هيئة التعاضد قرارا بالتعميم.
انطلاق معركة الخلافة
انطلقت معركة خلافة بورقيبة مباشرة بعد اعفاء الباهي الأدغم من الوزارة الأولى وتكليف الهادي نويرة بها. تحوير الدستور لمنح بورقيبة رئاسة مدى الحياة والوزير الأول فرصة خلافته عند الشغور، أثار هذا القرار غضب وسيلة التي كانت تود منحه للطاهر بلخوجة الذي قيل عنه أنه كان سيتزوج نبيلة ابنة وسيلة بورقيبة حينئذ ناصبت الهادي نويرة العداء. عزل الطاهر بلخوجة وتعويضه بعبد الله فرحات بوزارة الداخلية الذي قرر تعيين زين العابدين بن علي مديرا للأمن. وسيلة بورقيبة تلجأ إلى القذافي بمساعدة المصمودي لاستقطاب بن عاشور لمراجعة الاتفاق بين الهادي نويرة والاتحاد فيما يخص الزيادات في الأجور لإضعاف موقف الهادي نويرة وقد استقال وقتها 5 وزراء: عزوز الأصرم ومحمد الناصر والمنجي الكعلي والحبيب الشطي ومحمد بلحاج عمر تضامنا مع زميلهم الطاهر بلخوجة لأنهم معروفون بجماعة وسيلة. 1) اندلاع احداث 26 جانفي 1978 وحدوث اصطدامات عنيفة بين مليشيا الحزب والاتحاد. 2) إصابة الهادي نويرة بعد اندلاع أحداث قفصة بجلطة دماغية أدت الى إصابته بشلل وقد زاره بورقيبة بالمصحة ولما شاهده على تلك الحال، بكى بكاء مرا، وكان ذلك بعد اندلاع أحداث قفصة. 3) اندلاع معركة الخلافة بين ادريس ڤيڤة ومحمد الصياح الذي تكرهه وسيلة والتي تتدخل لاقناع بورقيبة بابعاده وتقدم له محمد مزالي ابن المنستير كبديل له وهو ما تمّ فعلا. 4) اندلاع أحداث الخبز في جانفي 1984 أدت في النهاية الى إقالة مزالي وأصدقائه من الوزراء وتعيين رشيد صفر خاصة بعد ان دخلت وسيلة على الخط وحاربت مزالي. 5) محير ما وقع للزعيم الحبيب بورقيبة الذي عانى من وضع صحي غامض فهو يشكو من الأرق الدائم ومن التوتر الكبير والأوجاع المبرحة في اليد فينقل إلى سويسرا ويصف له الأطباء هناك الدواء، فلا تتحسن أوضاعه ويتحول الى فرنسا فيتحسن وحين يعود إلى تونس تسوء أحواله. 6) دخول زين العابدين بن علي على الخط ويقوى نفوذه خاصة بعد طلاق وسيلة وتؤكد هاجر (ابنة بورقيبة) أن والدها أقسم لها بأغلظ الايمان أنه لم يطلقها ولم يقم بأي اجراءات وطالب باقناعها للعودة إليه إلا أنها رفضت ذلك واعتبرت أن تطليقها مسّ من كرامتها ووجد بن علي أيسر طريق للوصول الى قلب بورقيبة الذي لا يأمن لجانب العسكريين في ابنة أخته سعيدة ساسي فيعين بن علي وزيرا للأمن ثم للداخلية ويرقى الى وزير دولة ثم الى الوزارة الأولى بعد سيناريوهات نسجها ونفذها عبر الأحداث الطلابية وخطر الاسلاميين المفتعل وأعمال العنف بالنزل. 7) 3 أكتوبر 1987 بورقيبة يعين زين العابدين وزيرا أول ثم يتحدث عن قرب تغييره بمحمد الصياح فيسارع الجنرال الى قلب نظامه بعد 35 يوما فحسب من تعيينه.