عمد مشاركون في أشغال المؤتمر وخصوصا من حركة البعث والجبهة الشعبية الوحدوية ومن حركة الشعب وحزب الثوابت إلى الوقوف احتجاجا على كلمة رئيس حركة «النهضة» راشد الغنوشي في افتتاح المؤتمر وإطلاق شعارات تدين مواقف حركة «النهضة» من التطبيع حيث رفعوا شعارات تؤكد ضرورة تجريم التطبيع مع الكيان الصهيوني، وما يجري في سوريا قبل مغادرة القاعة عندما بدأ الغنوشي كلمته. وما إن أُعطيت الكلمة للغنوشي حتى رفع المحتجون شعارات من قبيل «عملاء الصهيونية هزوا أيديكم عن القضية» و«شعب تونس حرّ لا أمريكا لا قطر» و«الشعب يريد تجريم التطبيع» و«الشعب يريد تحرير فلسطين» ورفعوا لافتات كتب عليها «القوميون يرفضون حضور الغنوشي في مؤتمرهم» ومن يتآمر على الأمة لا يحقّ له الحضور في مؤتمر القوميين».
وقال رئيس الجبهة الشعبية الوحدوية عمر الماجري ل «الشروق» إنه لم يسبق في تاريخ دورات المؤتمر أن افتتحه رئيس حزب حاكم، معتبرا أن الغنوشي «شخص ليس عليه إجماع وهو رئيس حزب لنا معه خلافات محورها المؤامرة على سوريا والتدخّل الأجنبي فيها».
كما قال القيادي في حزب الثوابت محمد المولدي شلبي إن انسحاب هذه الأطراف القومية جاء نتيجة الخلافات الجوهرية مع موقف حركة النهضة والحكومة من الأزمة في سوريا، فضلا عن أن الغنوشي ليس له أي صفة رسمية للحضور، فهو رجل حزب وليس رجل دولة.
كما أصدرت حركة البعث بيانا احتجت فيه على حضور حركة النهضة أشغال المؤتمر معتبرة أنّ حركة النهضة «ليست حركة قومية أصيلة بأي معنى من المعاني».
الغنوشي : ما حدث مشهد فوضى يسيء للثورة صرح زعيم حركة النهضة راشد الغنوشى بأن ما سماه «مشهد الفوضى الذي عم افتتاح المؤتمر القومي العربي بمقر وزارة حقوق الإنسان من طرف أعضاء ينتمون إلى حركة البعث وتيارات قومية أخرى استنكروا حضوره هو حتماً مشهد متخلف ويسئ إلى الثورة التونسية وإلى نمط الحوار بين التيارات السياسية في البلاد، مضيفاً «إننا في زمن الديمقراطية ولا مجال للإقصاء»، وأكد الغنوشي أن حضوره جاء عبر دعوة وجهت إليه باعتباره عضوا في المؤتمر القومي .
وفي السياق ذاته قال وزير حقوق الإنسان والعدالة الانتقالية سمير ديلو ل «الشروق» إنّ الغنوشي من مؤسسي المؤتمر والأصل أن يكون حاضرا وليس العكس.