قررت الحكومة المؤقتة تكليف وزارة الشؤون الدينية بالتعاون مع وزارتي التعليم العالي والبحث العلمي والتربية بتنظيم مؤتمر علمي وطني قبل نهاية العام الحالي 2012 حول جامع الزيتونة والتمهيد لذلك بعقد ندوة تحضيرية خلال شهر سبتمبر 2012 وجاء في بلاغ مشترك صادر عن وزارة الشؤون الدينية والتعليم العالي والتربية أنه تشكلت لهذا الغرض «لجنة علمية تنظيمية ستعمل على اجراء الاتصالات اللازمة وتحديد محاور الندوة والمؤتمر المشار اليهما وضبط موعديهما والاعلان عنهما قريبا». كما أكد البلاغ العزم على استئناف التعليم الزيتوني الاصلي لدوره الديني والحضاري وطنيا واقليميا «باعتبار أن الزيتونة جامعة ومنارة للعلوم الشرعية والثقافة الاسلامية».