دعا رئيس الحكومة الفلسطينية المقالة إسماعيل هنية بابا الفاتيكان بنيديكت السادس عشر الى زيارة قطاع غزة ورؤية "الهولوكوست الحقيقي" بأم عينه ، كما طالبه بالاعتذار عن تصريحات سابقة له عام 2006 قال انه أساء فيها إلى الإسلام ورسوله.وقال هنية :" اننا نطالب البابا الذي يعيد الاعتراف بما أسماه المحرقة أن يعترف وأن يقف على محرقة العصر التي تعرض لها شعبنا وخاصة في قطاع غزة خلال الحرب الأخيرة". وأضاف " كنا نرى بدلا من زيارة كيان الاحتلال أن يقوم البابا بزيارة غزة لرؤية الهولوكوست الحقيقي". وتعليقا على زيارة البابا لعائلة الجندي الإسرائيلي الأسير لدى حماس جلعاد شاليط، طالب هنية بابا الفاتيكان بأن يتذكر أن هناك أكثر من 11 ألف أسير فلسطيني في السجون الإسرائيلية. اتهامات وانتقادات اسرائيلية والفاتيكان يتدخل للدفاع عن البابا ارتفعت حدة الاتهامات الاسرائيلية للبابا وباتت تنهال عليه من كل حدب سياسي وديني اسرائيلي. ودافع الفاتيكان الثلاثاء عن البابا في مواجهة انتقادات اسرائيلية متزايدة له بأنه لم يبد ندماً كافياً حيال المحرقة خلال زيارته الاثنين نصب "ياد فاشيم". فذكر الفاتيكان في بيان له بأنه سبق للحبر الاعظم أن ندد بالمحرقة مراراً، وقلل البيان من شأن عضوية البابا في منظمة الشبيبة الهتلرية في شبابه، بعدما سلط منتقدون يهود الأضواء على هذا الامر. وفي اليوم الخامس من زيارته للارض المقدسة ، احتفل البابا بقداس في وادي قدرون عند سفح جبل الزيتون في القدس حضره الالاف وشدد خلاله على أن لا مكان "للعنف" و"الانتقام" في القدس، وذلك بعدما زار مسجد قبة الصخرة في باحة المسجد الاقصى، ودعا هناك الى تجاوز نزاعات الماضي وفتح الطريق امام "حوار جدي" بين الاديان. كذلك، زار حائط المبكى في القدسالشرقية والتقى الحاخامين الكبيرين لاسرائيل، لليهود الشرقيين "السفارديم" شلومو امار، ولليهود الغربيين "الاشكيناز" يونا ميتسغر في كنيس القدس الاكبر بوسط المدينة، حيث اكد ان التزام الكنيسة الكاثوليكية المصالحة مع اليهود "لا رجوع عنه". آخر انتقاد للبابا كان من جراء كلمته في "ياد فاشيم" . فقد قال رئيس الكنيست الإسرائيلية رؤوفين ريفلين إن البابا "ألماني انضم إلى شباب هتلر.. انه شخص التحق بجيش هتلر". وبعدما صرح الناطق باسم الفاتيكان فيديريكو لومباردي بأن بنيديكت ال16 "لم يكن قط عضوا في منظمة شبيبة هتلر..."،ولكنه عاد وقال إن البابا كان منتسبا الى المنظمة ضد إرادته ولم يضطلع بدور فاعل في حركة الشبيبة النازية، مشيراً الى أن" شبيبة هتلر ليست تجربة مهمة في حياته لأنه لم يكن مشاركا ناشطا. إن ذلك مجرد شيء حصل".