صرح الفريق أحمد شفيق خلال مؤتمر صحفي بعد محاكمة الرئيس المصري حسني مبارك أنه على الشعب المصري أن يختار الدولة المدنية لا حكم الإخوان مضيفا أنه "النور وهم الظلام" على حد تعبيره. و تساءل شفيق عما إذا كان محمد مرسي مرشح الإخوان سيحكم مصر حقا إذا فاز أم مرشد الجماعة هو الذي سيحكم أم الرجل الثاني بالجماعة خيرت الشاطر . ووجه أصابع الاتهام بالأدلة إلى الإخوان المسلمين وأكد أنهم تعاملوا مع نظام مبارك لأخر أيامه وهم مدعومين من قبل الولاياتالمتحدةالأمريكية. من جهتها اعتبرت "واشنطن بوست " الأمريكية أن هجوم المرشح لجولة الإعادة للانتخابات الرئاسية أحمد شفيق على مرشح الإخوان المسلمين محمد مرسي يهدف من وراءه لمحاولة وقف الدعم الذي حصل عليه الأخير عقب الحكم الذي صدر ضد الرئيس السابق حسني مبارك . و كان أحمد شفيق أخر رئيس وزراء في عهد مبارك هاجم الإخوان المسلمين و حذر المصريين من أن وصولهم للحكم يعني حربا طائفية بين المسلمين و المسيحين و أضاف شفيق في الندوة الصحفية ذاتها أنه يمثل الشفافية و جماعة الإخوان تمثل الظلام و الأسرار .