اعرب البابا بنديكتوس السادس عشر الاربعاء 20-9-2006 عن "احترامه الكبير للديانات الكبرى وعلى الاخص للمسلمين", خلال الاجتماع العام الاسبوعي في الفاتيكان. واكد انه يكن "احتراما كبيرا للديانات الكبرى وعلى الاخص للمسلمين الذين يعبدون الله الواحد", وذلك بعد ثمانية ايام على كلمة تناول في احد مقاطعها الاسلام والجهاد ما اثار موجة استنكار في العالم الاسلامي. واعرب عن اسفه لكون الكلمة التي القاها الاسبوع الماضي في راتيسبون في المانيا "اسيء فهمها". وقال "آمل ان يشكل كلامي في راتيسبون حافزا لاقامة حوار ايجابي بين الديانات". وكان البابا اورد في 12 سبتمبر/ايلول اقتباسا عن امبراطور بيزنطي كان يرد على مسلم فارسي يقول فيه "ارني ما الجديد الذي جاء به محمد. لن تجد الا اشياء شريرة وغير انسانية مثل امره بنشر الدين الذي كان يبشر به بحد السيف". واضاف البابا "من الواضح انني لم اقصد باي شكل من الاشكال تبني اقوال الامبراطور (البيزنطي) السلبية وان مضمونها المثير للجدل لا يعبر عن قناعاتي الشخصية". وقال "كانت نيتي مختلفة تماما. كنت اود ان اوضح بان الدين لا يتماشى مع العنف بل يتماشى مع العقل". وتابع "اكدت كم هو مهم احترام ما هو مقدس لدى الاخرين". ومضى يقول "انني بالتالي مقتنع بان كلامي في جامعة راتيسبون بعد صدور ردود الفعل الاولى يمكن ان يعطي دفعا ويشكل حافزا لاطلاق حوار ايجابي". وهي المرة الثانية التي يتطرق فيها البابا الى كلامه الذي اثار موجة غضب في الاوساط المسلمة. واعرب البابا الاحد في مقر اقامته الصيفي في كاستيل غاندولفو قرب روما عن "حزنه الشديد" لردود الفعل التي اثارتها تصريحاته بشأن الاسلام.