أعربت وزارة الخارجية المصرية عن رفضها واستيائها مما ورد فى كلمة رئيس الجمهورية المؤقت محمد المنصف المرزوقي أمام أعمال الجمعية العامة للأمم المتحدة اليوم 26 سبتمبر2013 حول مصر بالمطالبة بإطلاق سراح ما أسماه بالمساجين السياسيين. وأكدت الخارجية المصرية في بيان لها أن "ما ورد في تلك الكلمة بشأن مصر يجافى الحقيقة، فضلاً عما يمثله ذلك من تحد لإرادة الشعب المصري، الذي خرج بالملايين فى 30 جوان مطالباً بإقامة ديمقراطية حقيقية تؤسس لدولة عصرية جامعة لا تقصى أيا من أبنائها وهو ما نرجوه للأشقاء في تونس الذين لا يزال البعض هناك يحاول أن يفرض عليهم نموذجاً بعينه لا يعبر عن واقع وطبيعة المجتمع التونسي السمحة" وكان رئيس الجمهورية المنصف المرزوقى قد طالب في كلمته أمام الجمعية العامة للأمم المتحدة اليوم، الخميس، السلطات المصرية بالإفراج عن الرئيس المعزول محمد مرسى وجميع من وصفهم بالمعتقلين من الإسلاميين المحبوسين بالسجون حاليا، مشيرا إلى أن تلك المبادرة الجريئة قادرة وحدها على خفض الاحتقان السياسى ووقف مسلسل العنف وعودة كل الأطراف إلى الحوار باعتباره الوسيلة الوحيدة لحل المشاكل الصعبة، التي تفرضها المراحل الانتقالية".