القى الملف الليبي بظلاله على العلاقة الجزائرية المغربية والتي شهدت فترة من الفتور السياسي اثرت على قيمة المبادلات التجارية بين البلدين وعلى الحدود المغلقة منذ 1994 ردا على فرض تاشيرة الدخول على الجزائريين واتهام المخابرات الجزائرية بالضلوع في العام نفسه بتفجير فندق بمدينة مراكش ذهب ضحيته سائحون من اسبانيا.وقد كان لمواقف البلدين مما يجري في ليبيا شان كبير في زيادة تأزيم الوضع بينها الى ان وصل الى حد تبادل الاتهامات بخصوص قضية ارسال المرتزقة الى القطر الليبي. اتهامات متبادلة على خلفية ما تداول عن ارسال الجزائر لمرتزقة الى ليبيا للقتال في صفوف كتائب القذافي، فقد اتهم الوزير الاول الجزائري احمد اويحي الحكومة المغربية بالعمل على توريط الجزائر في هذه القضية (أي ارسال المرتزقة).وقال اويحي ان بلاده قد سجلت تحركات لما اسماه «باللوبي الرسمي المغربي «في الولاياتالمتحدةالامريكية لتوريط الجزائر معتبرا ان هذه المواقف ليست عاملا مساعدا لفتح الحدود بين البلدين. في المقابل اعربت الحكومة المغربية عن استغرابها للاتهامات الموجهة لها من الجانب الجزائري وقد اعتبرت وزارة الخارجية المغربية ان تصريح الوزير الاول الجزائر مثير للاستغراب على اكثر من صعيد سواء بالنسبة الى مضمونه او توقيته مشيرا الى نفي أية مسؤولية عن أي مسؤول مغربي في اثارة دور الجزائر في تسهيل تجنيد او عبور المرتزقة الى ليبيا رغم تطرق الاعلام الليبي ووسائل الاعلام الغربية الى ذلك باسهاب. الاستعانة بموقف الجمعيات.. ازدادت وتيرة التحرك الفرنسي المغربي على حد قول احد الخبراء والمحللين السياسيين المناهضة للسياسة الخارجية الجزائرية حيال الملف الليبي. وفي مقال صحفي بجريدة جزائرية الكترونية قال كاتبها ان فرنسا قد بادرت بمعية الرباط الى محاولة التضييق على الموقف الجزائري وجعله الى جانب كفة من الكفتين المتنازعتين اما مع القذافي -وثمة ادانة الجزائر على انها دولة غير ديمقراطية- واما مع الثوار فتظهر بذلك الجزائر بمظهر الدولة التي لا تعرف ما تفعل وسارت الرباط في نفس الطرح الفرنسي لما اتهمت بلسان جمعيات مغربية حقوقية الجزائر بارسال مرتزقة الى ليبيا للقتال مع الكتائب. الصراع بين البلدين..والمغرب العربي في ظل اتهام كل طرف للاخر فان العلاقات بين المغرب والجزائر والتي عرفت بعض التطور في السنوات الاخيرة وصفته الرباط بالواعد برز في تبادل للزيارات الرسمية والتعاون في عدة مجالات، ستؤثر سلبا على اتحاد المغرب العربي المتواجد وفق الصحافة المغربية في غرفة العناية المركزة. فالوضع الليبي وما تمر به تونس سياسيا وهذا الصراع المغربي الجزائري سيضع بالضرورة حدا لعمل هذا الاتحاد وتعطيله الى حين اتضاح الرؤية السياسية والاقتصادية والوضع العام لهذه البلدان وهو ما ذهب اليه شق كبير من الخبراء في العلاقات الدولية والسياسية.