تناقلت بعض وسائل الاعلام خبر تقدم الجامعة بشكوى رسمية للاتحاد الدولي لكرة القدم احتجاجا على تدخل وزارة الشباب والرياضة في شؤونها، وهو ما يتناقض وقوانين «الفيفا» التي تمنع أي تدخل للسلطات في عمل الاتحادات. وقد تحدثت ايضا عن امكانية حرمان المنتخب من لعب مباراة الطوغو في التصفيات المؤهلة لكان 2012 وخوض تصفيات كأس العالم. هذا الخبر اثار استياء اعضاء المكتب الجامعي الذين اكدوا انه عار من الصحة ولا يمكن ان يحدث اصلا وقد قال شفيق الجراية انه ان حدث هذا فعلا فانه سيكون اول المستقيلين من المكتب الجامعي لانه لا يجوز الاستقواء بهيكل خارجي على حساب اسم وسمعة الكرة التونسية، وهو ما سانده فيه اكثر من عضو في الجامعة مؤكدين ان هذا لن يحصل ابدا مهما حدث. ومن المنتظر ان تحدث تطورات بسبب هذا الخبر الذي يرى اعضاء الجامعة انه زاد من تشويه صورة المكتب الجامعي الحالي دون وجه حق.