بعد الاعلان عن التركيبة الجديدة لهيئة المجلس الاسلامي الاعلى ورد على "الصباح" البيان التالي من الدكتور محمد الشتيوي مدير المعهد العالي لاصول الدين جامعة الزيتونة وقد جاء فيه: "إنّه لشرف كبير أن يكون الإنسان عضوا في هيئة المجلس الإسلامي الأعلى، ولكن مع الأسف فإنّ الطريقة التي وقع بمقتضاها تعيين الأعضاء لم تكن موضوعية ولا مقنعة، وليس هذا طعنا في الأشخاص المعيّنين، وإنّما الإشكال في المغيّبين، الذين من المفروض أن يكونوا في المجلس بصفاتهم الوظيفية على الأقلّ، بقطع النظر عن أشخاصهم، وهم رئيس جامعة الزيتونة ومدير المعهد العالي للحضارة الإسلامية ومدير مركز الدراسات الإسلامية بالقيروان، فعدم وجود هؤلاء في المجلس يدلّ بوضوح على مقصد ظاهر أو خفي، هو تغييب جامعة الزيتونة في هيئتها المنتخبة انتخابا شرعيا وليست معيّنة... والعجب كلّ العجب أن يكون الذي يدعو إلى التمسّك بالشرعية في الحياة السياسية هو الذي يهمل التعامل مع الشرعية في إطار جامعة الزيتونة بناء على ذلك فإنّي أعلن أنّي أرفض الحضور في هذا المجلس ما لم يقع تعديل تركيبته بما يعطي لجامعة الزيتونة حظّها من الحضور، وفي ذلك ضمانة لأمر هام هو تأكيد مرجعية الزيتونة من الناحية العلمية ودورها في ترسيخ الهوية العربية الإسلامية في تونس بوجهها العلمي المكين واعتدالها المعروف" الدكتور محمد الشتيوي مدير المعهد العالي لأصول الدين - جامعة الزيتونة كما ورد علينا من الدكتور عبد الجليل سالم رئيس جامعة الزيتونة بيان جاء فيه: "عبر الدكتور عبد الجليل سالم عن استغرابه من غياب الفكر المؤسساتي عند وزير الشؤون الدينية... صدرت بالرائد الرسمي الأخير بتاريخ 20 – 08 – 2013 تركيبة المجلس الإسلامي الأعلى، وإذ أهنّئ من يستحقّ من أعضائها التهنئة، فإنّي أشكر وزير الشؤون الدينية، صاحب المشروع على صنيعه معي بوصفي رئيس جامعة الزيتونة، باستثنائي من التركيبة، وهو بذلك يسدي لي هدية ثمينة، فاستثنائي ثبّتني، وتغيبي أحضرني، وتجاهلي عرّف بي وأشهرني، فشكرا للزميل الخادمي على هذه الخدمة الجليلة التي حُجب عنها وتراءت لعين قلبي" د.عبد الجليل سالم