دعا المدير العام السابق للمخابرات العسكرية موسى الخلفي حركة النهضة بالوضوح والشفافية فيما يتعلق بما اعتبره مسألة ''اختراق'' المؤسسة العسكرية خلال فترة الرئيس السابق زين العابدين بن علي وفترة الحبيب بورقيبة على حد قوله. وأشار الخلفي خلال حضوره في برنامج "هنا تونس" على أمواج إذاعة "الديوان أف أم" أن القضاء العسكري وهياكل وزارة الداخلية تحتفظ بكل الشهادات التي قدمها عدد من كوادر النهضة والتي تؤكد امتلاك الحركة لتنظيم سري كاشفا في هذا السياق عن وثيقة قال أنها قد وصلته من أحد الأشخاص المنتمين لحركة الاتجاه الاسلامي (النهضة حاليا) زمن عمله في الأمن العسكري أكد فيها بخط يده وجود تنظيم سري تابع لحركة النهضة وعلى اتصاله المباشر برئيس الحركة راشد الغنوشي كما ذكر في الوثيقة الأشخاص المسؤولين على التنسيق بين الحركة وهذا التنظيم السري. كما اعتبر الخلفي أن الحركة لم توضح موقفها إلى حد اليوم بشكل حازم من بعض القيادات والعناصر التابعة لها والتي أدينت في قضية ما يعرف ''ببراكة الساحل'' وفق تعبيره.مستغربا كيفية تم تعيين 7 من مجموعة "براكة الساحل" في خطط حساسة بعد الثورة والحال أن الحركة تنفي أية علاقة لها بهذه المجموعة. وأوضح الخلفي بأن المؤسسة العسكرية في تلك الفترة كانت مخترقة من حركة الاتجاه الاسلامي (النهضة حاليا) وهذا أمر أقره القضاء العسكري.