أثار الفصل 68 من باب السلطة التنفيذية الذي ينص على أن يتمتع رئيس الجمهورية أثناء ممارسة مهامه بحصانة قضائية، كما ينتفع بهذه الحصانة بعد انتاهاء مهامه، جدلا بين أعضاء لجنة السلطة التشريعية والسلطة التنفيذية والعلاقة بينهما. حيث تمسك رئيس اللجنة عمر الشتوي بضرورة أن تكون الحصانة قضائية أي أنها تشمل الجانب الجزائي والجانب المدني والجانب الإداري، في حين أن مقترح الهيئة المشتركة للتنسيق والصياغة ينص على أن تشمل الحصانة التتبعات الجزائية فقط. النائب عن «حزب العمال» أحمد السافي رأى بدوره أن حصر مجال الحصانة في التتبعات الجزائية من شأنه أن يمس من هيبة الدولة، متسائلا هل أن تضييق مجال الحصانة سيحقق المعادلة القائمة على عدم ابتزاز رئيس الجمهورية وعدم تعسفه في استعمال سلطته؟ كما رأى السافي أن مقترح هيئة التنسيق والصياغة لم يقدم تبريرا، مؤكدا أن الحصانة مسألة تندرج ضمن إطار المسؤولية السياسية ولا يجوز في نظره أن يمثل رئيس الجمهورية أمام المحاكم إلا في حالة الخيانة العظمى. وقد قررت لجنة السلطة التشريعية والسلطة التنفيذية والعلاقة بينهما الاستماع إلى عدد من الخبراء لحسم هذا الإشكال. يذكر أن امتياز الحصانة التي سيتمتع بها رئيس الجمهورية بعد إنهاء مباشرته، لقي خلافا في الحوار حول الدستور في الجهات الذي نظمه المجلس الوطني التأسيسي خلال الأيام القليلة الفارطة وطالب عدد من المواطنين إلغاء هذه الحصانة حسب ما هو معمول به في الدول الديمقراطية.