Le Comité général des prisons et de la rééducation a démenti les accusations proférées par le juge Mekki Ben Ammar et selon lesquelles il aurait été torturé pendant son incarcération. En effet, le magistrat a assuré avoir été torturé et violé au cours de la période de son emprisonnement, en menaçant de se plaindre à la justice internationale. Pour sa part, le président de la commission parlementaire de la réforme administrative, de la bonne gouvernance et de la lutte contre la corruption, Badreddine Gammoudi, a publié le compte rendu d'une rectoscopie de l'ancien détenu qui prouverait les dires de ce dernier.
En réponse, le comité a tenu à apporter certaines précisions. Il a indiqué que l'inspection générale avait ouvert une enquête administrative et qu'après avoir entendu tous ceux qui résidaient avec lui, consulté tous les rapports médicaux et examiné les preuves, les résultats préliminaires prouveraient qu'il s'agit d'allégations qui n'ont aucun lien avec la réalité. Et de soutenir que la plainte déposée par M. Ben Ammar pour avoir été agressé par deux agents pénitenciers lors de son transfert de la prison de Gafsa vers celle de Sidi Bouzid avait été classée par le ministère public pour absence de preuves.
Le comité a également soutenu que les allégations soulevées par le concerné relatives aux divers types de torture et aux moyens utilisés à cet effet se sont répétées de la même manière dans toutes les unités pénitentiaires où il a été placé. Suite à quoi, il a eu la visite surprise des autorités judiciaires spécialisées (un procureur de la République et une juge d'application des peines) ainsi que celles d'instances et d'organisations indépendantes de défense des droits de l'Homme chargées de la surveillance et du contrôle (Instance nationale de prévention de la torture (INPT), Ligue tunisienne pour la défense des droits de l'Homme (LTDH), etc.) Le comité a également affirmé que l'intéressé a bénéficié, comme le reste des prisonniers, de tous les droits qui lui sont garantis par la loi N°52-2001 du 14 mai 2001 relative à l'organisation des prisons ainsi que d'un suivi médical et psychologique régulier.
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Le Comité général des prisons et de la rééducation a appelé à ne pas les impliquer dans des conflits politiques, à ne pas exagérer et utiliser ses allégations abstraites qui auraient une incidence négative sur le cours normal du travail et qui nuisent au moral de ses agents. Et de soutenir qu'il n'hésitera pas à défendre le corps contre les calomnies et la propagation de fausses informations, en entamant les poursuites judiciaires qui s'imposent.