Le jour même où Othman fut assassiné, Ali fut proclamé calife à Médine. Mais son élection, très controversée, marqua le début d'une bataille ouverte au sein de l'Islam. Ali voit se détacher de lui plusieurs de ses alliés ainsi que de pieux Médinois révoltés par le meurtre d'Othman. Il fut rejoint toutefois par les vieux croyants fidèles à la famille du Prophète et tandis que ses appuis à Médine et La Mecque s'étiolèrent, il en retrouva de plus solides en Mésopotamie (Irak actuel), dans les places fortes de Bassorah, Koufa et Al Fostat. Le nouveau calife et ses partisans chi'ites en arabe prônaient une grande rigueur dans la mise en pratique de l'Islam et l'assimilation des populations conquises. Ils recommandaient aussi que le califat devait revenir aux descendants en ligne directe du Prophète. Ils s'opposaient sur ces points aux orthodoxes ou sunnites, adeptes d'une application souple de la doctrine musulmane (la sunna). Pour Taha Hussein, « Al Fitna Al Kobra" ne saurait mettre en cause la foi musulmane. Mais elle est une sévère leçon adressée aux peuples musulmans ainsi qu'à leurs gouvernants. La bataille du chameau Lorsqu'il fut informé que Aicha avait décidé de l'affronter, Ali ordonna à ses troupes de l'accompagner pour l'Aïcha l'épouse et son groupe : Son intention n'était pas de se battre, selon la plupart des historiographes arabes. Parmi les grands Compagnons du Prophète qui étaient encore en vie à cette époque, très peu acceptèrent de le suivre. Les habitants de Médine aussi, pour la majeure partie d'entre eux, refusèrent de partir. Le fils d'Ali Al Hassan, et quelques autres vinrent à lui afin de le convaincre de ne pas quitter Médine. Ce qu'il refusa et finit par se diriger vers l'Irak.
