La Cour des comptes a épinglé, dans un rapport, l''Instance Suprême Indépendante des Elections (ISIE), lui reprochant sa gestion administrative et financière au titre de l'année 2014. Le rapport décèle de graves anomalies et dépassements dans la gestion des ressources financières ayant trait aux ressources humaines notamment le non recours aux concours pour le recrutement. Ainsi , dans le recrutement pour 20 catégories de postes à pourvoir, seuls 6 ont fait l'objet d'un concours, tandis qu'il a été constaté le recrutement de 10 agents dont les noms ne figuraient pas parmi les candidats à ces postes. Il existe 90 autres agents qui ont commencé à travailler sans pour autant être dotés de contrats en bonne et due forme en plus de la non adoption par le Conseil de l'Instance de nombreuses décisions. L'ISIE a versé des cotisation sociales à des fonctionnaires détachés de l'administration ce qui a fait supporter à l'instance des charges financières supplémentaires non justifiées estimées à 74.000 dinars. En outre, la prime de rendement a été payée à son coefficient le plus élevé ce qui a entraîné une différence de 1 million de dinars alors que des employés ont touché des primes atteignant au total 27.000 dinars bien qu'ils n'aient pas rejoint leur postes dans les sections régionales. Dans plusieurs cas , le principe de la vacation total n' a pas été respecté et, à titre d'exemple , un professeur universitaire a perçu une somme de 25.000 dinars à titre d'honoraires. Au niveau des sections régionales à l'étranger à l'instar de l'Italie et de l'Allemagne, ils ont attribué des prismes aux agents enregistrement d'une valeur de 51.000 dinars en l'absence de l'accord du Conseil de l'ISIE. Le président de la section de France a procédé au recrutement de 30 agents et leur a attribué 35.000 dinars de prismes sans l'assentiment du Conseil de l'ISIE alors que le président de la section d'Italie a effectué des versements de primes à certains coordinateurs d'une valeur de 27.000 dinars. Concernant les chapitres de la gestion du budget de l'ISIE, six nouveaux chapitres ont été introduits sans aucune justification pour la somme de 10 millions de dinars. Toujours au niveau de l'étranger, le président de la section de l'Italie a fait des virements à son propre compte bancaire, au profit d'autres agents et à une association active en Italie pour une valeur de 461.000 dinars du compte de l'Instance dans ce pays. Sur le plan des achats, le rapport de la Cour des comptes a remarqué que l'ISIE a acquis 4 véhicules pour 223.000 dinars alors que la nécessité de les acheter ne se faisait pas sentir étant donné qu'ils en ont fait un usage personnel. Concernant la gestion comptable, un trou de 3 millions de dinars a été constaté par le rapport qui a relevé la perte de certains équipements comme 18 ordinateurs, 48 téléphones portables, 2 engins radios et d'autres équipements du centre informatique d'une valeur de 34.800 dinars. Selon le rapport de la Cour des comptes les élections législatives et présidentielles de 2014 ont coûté 84,196 millions dinars contre 81,752 millions de dinars, prévisions de l'ISIE.
