La pharmacie centrale cumule des dettes de 1203 millions de dinars partagées entre les établissements hospitaliers avec 635 millions de dinars et les caisses sociales dont la CNSS 521 millions de dinars et les autres organismes publics avec 47 millions de dinars. Il y a également d'autres établissements sanitaires qui obtiennent des médicaments directement à la pharmacie centrale, selon la déclaration de son PDG Bechir Armani qui a indiqué que la Pharmacie Centrale est capable de fournir en médicaments les pharmacies. Il a ajouté que si la pharmacie centrale perçoit ses redevances, on verra une régularisation de sa situation. L'autorité de tutelle veille à ce qu'il y a un meilleur équilibrage des finances.
