Des responsables au sein du Mossad ont exprimé des critiques sévères envers le ministre des Affaires étrangères suite à la crise diplomatique avec la Libye. Ils ont affirmé que les actions maladroites d'Eli Cohen avaient eu un impact durable sur les relations avec Tripoli et avaient potentiellement mis des vies humaines en danger. Ces préoccupations font référence aux troubles déclenchés par la divulgation, de la part de Jérusalem, de discussions entre Israël et la Libye, ainsi qu'à la fuite en Turquie de la ministre des Affaires étrangères. Cette dernière avait rencontré Eli Cohen et craignait pour sa sécurité. Selon elle, les erreurs commises par Eli Cohen équivalent à un affaiblissement délibéré des efforts diplomatiques. Les Etats-Unis ont également exprimé leur mécontentement envers Israël à la suite de cet incident diplomatique.
