اكد المرصد التونسي لاستقلال القضاء استحالة إرساء المجلس الأعلى للقضاء فيما تبقّى من المدّة المحدّدة بالأحكام الانتقالية للدستور وقدرها شهران ونصف وعدم إمكانية الاتفاق بين الأطراف المعنية - في حدود تلك المدّة القصيرة- على صيغة نهائية لمشروع القانون الأساسي للمجلس وبالأحرى المصادقة على المشروع في مجلس وزاري ومناقشته بلجنة التشريع العام بمجلس نواب الشعب وإحالته على جلسته العامة دون اعتبار ما يقتضيه إرساء المجلس من استكمال تركيبته وانتخاب هياكله وتسمية أعضائه من القضاة أو غيرهم من المستقلين من ذوي الاختصاص. و ابرز المرصد الظروف الحافّة بإعداد مشروع القانون الأساسي المنظم للمجلس الأعلى للقضاء على مستوى وزارة العدل وخصوصا ما اتسمت به من عدم الشفافية وعدم إشراك الهياكل المعنية بتنظيم المجلس والاعتماد في ذلك على لجنة فنية مكوّنة في أغلبها من ممثلين عن المحاكم فضلا عن محدودية التشاور مع الهيئات المهنية و مكونات المجتمع المدني .ولاحظ المرصد وجود عدد من التحفظات الجدّية على المشروع ومخالفة بعض أحكامه للمقتضيات الواردة بالدستور أو تلك المضمّنة بالمعايير الدولية فضلا عن سهو المشروع عن مبادئ واليات ضرورية لاستقلال السلطة القضائية من ذلك على سبيل المثال القيود الواردة بالفصل 42 من المشروع على المبدأ الجوهري لاستقلال القضاء وهو عدم قابلية القضاة للعزل المنصوص عليه بالفصل 107 من الدستور. إذ أقر المشروع استثناءات جدّية من شأنها المساس بضمانات استقلال القاضي كإمكانية نقله مراعاة لمصلحة العمل في مفهومها الواسع (ضرورة تسديد الشغورات، إحداث محاكم، تعزيز المحاكم...) ولمدّة تصل الى ثلاث سنوات وهو ما يتناقض بصفة جليّة مع تطبيقات المبدأ في القانون المقارن، وكذلك عدم التنصيص على أيّة موانع فعلية أو قانونية للترشح للمجالس القضائية وعدم التنصيص على الضمانات الكافية لتقييم القضاة أو تفقّدهم وعدم تحديد إجراءات مضبوطة للتعيين في الخطط القضائية زيادة على افتقاد المشروع لمرجعية الاستناد في عمل المجالس القضائية الى المعايير الدولية لاستقلال القضاء. واعتبر المرصد أنّ وصف مشروع القانون بأنّه جيّد أو متوازن قبل عرضه على مختلف الأطراف المعنية أو مناقشته من قبل الهياكل الموسعة للقضاة من شأنه أن يصادر حقّ عموم القضاة ومكونات المنظومة القضائية في إبداء آرائهم بكامل الحرية والشفافية في مشروع يمكن أن يحدّد مصير القضاء التونسي واستقلاله. ودعا المرصد الحكومة الى عدم التسرع في إحالة مشروع القانون الأساسي على المصادقة وتوسيع التشاور بشأنه والبحث في اعتماد ما تنصّ عليه الأحكام الانتقالية للدستور من مواصلة "الهيئة الوقتية للإشراف على القضاء العدلي القيام بمهامها الى حين استكمال تركيبة مجلس القضاء العدلي" وسحب ذلك على المجلسين المتعلقين بالقضاء الإداري والقضاء المالي.
كما دعا الى إطلاق الحوار بشأن الضمانات المتعلقة بالمحاكم العسكرية ووضعيتها في ضوء ما ينص عليه الفصل 110 من الدستور من أنّ "المحاكم العسكرية محاكم متخصصة في الجرائم العسكرية" وإمكانية إحالة تلك المحاكم الى القضاء العدلي على غرار بعض المحاكم المتخصصة كالمحكمة العقارية وفروعها وذلك بالنظر الى أنّ الدستور لا ينصّ صراحة على تسمية "القضاء العسكري". مع تمتيع القضاة العسكريين بنفس الضمانات المكفولة لزملائهم بمختلف الأصناف القضائية وإلغاء مجلس القضاء العسكري وإشراف وزارة الدفاع على المحاكم العسكرية وإحالة النظر في المسار المهني للقضاة العسكريين الى المجلس الأعلى للقضاء بناء على ما يقتضيه الدستور من أنّ القضاء سلطة مستقلة (الفصل 110) واستنادا الى المعايير الدولية في هذا الشأن .ولاحظ المرصد ان مشروع قانون المجلس الاعلى للقضاء لم يتطرق الى وضعية المحاكم العسكرية ونظام القضاء العسكري في هذا السياق وما يقتضيه الدستور بشأن إعادة تنظيم تلك المحاكم