تعمل الحكومة الأمريكية على تحديد الكيفية التي ستتعامل بها مع المجلس الأعلى للقوات المسلحة في مصر الذي يتولى إدارة شؤون البلاد مصر وملامح خط السلطة في الحكومة المصرية المقبلة. فيما تركز وكالات الاستخبارات الأمريكية على بحث مستقبل التعاون الاستخباراتي والأمني مع نظام الحكم الجديد في مصر في أعقاب الإطاحة بالرئيس المصري المخلوع حسني مبارك. وقالت مصادر داخل وخارج الحكومة الأمريكية إنه بالرغم من معرفة واشنطن بكافة أعضاء المجلس الأعلى للقوات المسلحة المصرية فإن ما يبحثون عنه هو معرفة مستقبل مدير المخابرات المصرية (السابق) عمر سليمان الذي كان مبارك عينه نائبا له. وكان سليمان يمسك بملف التعاون الأمني والاستخباري مع الولاياتالمتحدة وإسرائيل. وقال موقع «ديبكا فايل» الإلكتروني القريب من الاستخبارات الإسرائيلية إن إسرائيل تعول على سليمان لمواصلة التعاون الأمني الوثيق، حيث كان واحدا من أبرز ثلاثة أعضاء في المجلس الأعلى للقوات المسلحة، إلى جانب وزير الدفاع المشير طنطاوي محمد ورئيس الاركان الفريق سامي حافظ عنان. وتحوم الشكوك حول عضويته في المجلس والتي فقدها بعد تعيينه نائبا للرئيس المصري الذي بقي فيه ثمانية أيام فقط. غير أن الموقع الإسرائيلي يلمح إلى أن سليمان قد يبقى عضوا في المجلس، ويشير الموقع في الوقت نفسه إلى أن رئيس المجلس المشير طنطاوي ليس من محبي إسرائيل أو من المعجبين بها، لذلك قد يلجأ سليمان إلى تجنب الظهور بمظهر المؤيد القوي لإسرائيل أو الولاياتالمتحدة كي يستطيع منافسة طنطاوي، وبالتالي ستفاجأ إسرائيل بأن كافة الأبواب قد أغلقت في وجهها. ويقول مسؤولون ومحللون أمريكيون إنهم ليسوا قلقين إزاء ما يقال عن تراجع التعاون الأمني الاستخباري مع مصر في ضوء استمرار المساعدة العسكرية الاقتصادية الأمريكية السنوية لمصر التي تبلغ حاليا 1.550 مليار دولار. وأوضح الرئيس السابق لقسم مكافحة الإرهاب في وكالة الاستخبارات المركزية الأمريكية روبرت غرينر أن «لدى المصريين مصلحة أكبر من أي طرف في حماية أنفسهم من المتطرفين الذين يستخدمون العنف.» لكنه قال إنه مع تشكيل حكومة جديدة فإن «المستوى المريح للولايات المتحدة قد لا يكون مرتفعا. إن عدم الثقة ستزداد من جانبهم» وعزا ذلك في جزء منه إلى الدعم الذي كانت تقدمه الولاياتالمتحدة لتعزيز مكانة أنظمة الحكم الدكتاتورية. واشار غرينر إلى أن تعاون المخابرات المصرية هو واسع جدا، حيث أن لدى أجهزة المخابرات المصرية مصادر عديدة تعمل في مناطق لا يتوفر للاستخبارات الأمريكية العمل فيها مثل قطاع غزة والسودان. ولدى المخابرات المصرية وسائل عديدة لاختراق ليس فقط القاعدة بل منظمات اسلامية وجهادية في المنطقة. وقال بروس هوفمان، الخبير في شؤون الإرهاب بجامعة جورج تاون إن إيران خلال الفترة التي سبقت الإطاحة بنظام حكم الشاه كانت إحدى النوافذ التي تحصل منها الولاياتالمتحدة على المعلومات الاستخبارية عن الاتحاد السوفياتي والآن فقد أصبحت مصر نافذة الولاياتالمتحدة على إيران ودول أخرى.» لكنه قال «مهما حدث مستقبلا فإن الوضع لن يكون ذاته أبدا.»