تشير أغلب الروايات التاريخية إلى أن جزيرة قرقنة عمرها الفينيقيون في القرن 12 قبل الميلاد وغرسوا في غاباتها الزياتين والكروم وهذا ما ذكره هيروديت في ق 5 مالذي ذكر قرقنة باسم «كيرانيس». ويشير الأستاذ أحمد الحمروني في كتابه «معجم المدائن التونسية»، إلى انه منذ قديم الزمان تحدث المؤرخون عن جزيرتين بقرقنة كركنيتيس (kerkinnitis) الجزيرة الغربية الصغرى وكركينة (kerkinna) الجزيرة الشرقية الكبرى حيث المدينة الفينيقية المعروفة عند الرومان بإسم (cercinae) ومازالت بعض آثارها في موقع برج الحصار ويسميها الأهالي المدينة. وقد قال عنها المؤرخ ديودور جي سيسيل إنها كانت مرفأ ممتازا للسفن الكبرى التجارية والحربية. وفي سنة 217 ق م حاصر الرومانقرقنة وفرضوا على أهلها جزية ثقيلة وفي سنة 195 ق م فر إليها حنبعل متجها إلى سوريا. كما فر إليها سنة 88 ق م القائد الروماني ماريوس متجها بجيشه إلى روما ، و قرقنة ثرية بالآثار الرومانية ومنها منطقة «برج الحصار». وفي أول العهد الإسلامي بالبلاد إتخذ البيزنطيون قرقنة للتصدي لحملات الفتح للإحتفاظ بالساحل الجنوبي وخاصة صفاقس حتى تم فتحها بعد تأسيس القيروان على الأرجح وفي عهد هرثمة بن أعين في آخر ق 2 ه شيد فيها رباط دال على محافظتها على قيمتها الإستراتيجية حتى أفل نجمها بهجرة الفاطميين عن البلاد ومعاناة الزحف الهلالي في منتصف ق 5 ه. حتى أصبحت تابعة لحاكم صفاقس المعروف بالبرغواطي، ولم يسترجعها الصنهاجيون إلا سنة 483 ه بفضل تميم بن المعز. تعرضت قرقنة لغزو ملك صقلية النرماني روجار الثاني مرتين، سنة 540 ه ثم سنة 548 ه حيث خضعت لسيطرته مدة سبع سنوات وإعتبر الإدريسي ذلك فتحا لها ووصف قرقنة قائلا: «وقرقنة جزيرة حسنة عامرة بأهلها، وليس بها مدينة، وهي خصبة كثيرة الكروم والأعناب». وفي 1295م اصدر البابا بونيفاس أمرا بإلحاق الجزيرة بأملاك الكنيسة. وفي سنة 1309م أصبحت إقطاعا للضابط الصقلي ريموند مونتاس, واعترف بذلك ملك صقلية سنة 1311م و ملك ارقون سنة 1314م. ولكن الأهالي لم يرضوا بالوضع فثاروا سنة 1335م ضد المسيحيين وطردوهم حتى استقل بها عن الحفصيين الأمير احمد بن مكي سنة1356م لكن بتقلص الخطر الصقلي تفاقم الخطر الاسباني وتشير المصادر التاريخية انه في 1423م اقتحم قرقنة أسطول الفونصو الاراقوني فكانت الهزيمة ثقيلة على الاهالي ومؤلمة جدا. و تواصل الصراع عليها بين الاسبان و الاتراك، واستطاع الاهالي بفضل درغوث باشا وضع حد لأطماع الصقليين والأسبان أسطول البندقية سنة 1620م. وقد تحدث الرحالة الأسباني مرمول الذي زار قرقنة في العهد المرادي إلى قرى الجزيرة وهي مليتة واولاد بو علي والشرقي ومقر الخليفة في قرية الكلابين, وقال إن أهلها ملاحون ممتازون يعيشون على الصيد البحري وتربية الحيوانات وفلاحة الأشجار المثمرة وصناعة النسيج . وأشار بليسيي (Pellissier) سنة 1840م إلى قرى الجزيرة قائلا «هي : الشرقي والعطايا والعباسية والكلابين وأولاد علي وأولاد يانق و أولاد قاسم والرملة في الجزيرة الكبيرة, حيث مقر الخليفة وقنصلية للأنقليز, ومليته بمفردها في الجزيرة الصغيرة» مضيفا أن البيوت مسقفة بجذوع النخل, منوها بصناعة الحلفاء وتصدير الأخطبوط المجفف وتقديم ضريع البحر علفا للماشية.
