تعتبر جامعة الزيتونة إحدى أعرق الجامعات في العالم العربي الإسلامي فقد انتظمت دروسها منذ 737 م (120ه بجامع الزيتونة بمدينة تونس. اشتهرت الجامعة الزيتونية في العهد الحفصي بالفقيه المفسّر والمحدّث محمد بن عرفة وابن خلدون المؤرخ ومبتكر علم الاجتماع ثم من أعلام الحركة الإصلاحية سالم بوحاجب ومحمد النخلي ومحمد الطاهر بن عاشور صاحب تفسير التحرير والتنوير، ومحمد الخضر حسين شيخ جامع الأزهر ومحمد العزيز جعيط والمصلح الزعيم عبد العزيز الثعالبي وشاعر تونس أبو القاسم الشابي صاحب ديوان أغاني الحياة والطاهر الحداد صاحب كتاب امرأتنا في الشريعة والمجتمع لقد تجاوز إشعاع جامعة الزيتونة حدود تونس ليصل إلى سائر الأقطار الإسلامية ولعلّ المفكر العربي الكبير شكيب ارسلان يوجز دور الزيتونة عندما اعتبره إلى جانب الأزهر والأموي والقرويين أكبر حصن للغة العربية والشريعة الإسلامية في القرون الأخيرة.
كانت المعاهد الزيتونية الإعدادية والثانوية حتى بداية الستينات من القرن العشرين منتشرة في أغلب المدن التونسية هذا بالنسبة للمعاهد الإعدادية أما المعاهد الزيتونية الثانوية فكانت توجد فقط في العاصمة وبعد أصلاح التعليم الزيتوني في بداية الخمسينات تم إقرار البرامج الرسمية لوزارة التربية لتطبق في كل المعاهد الزيتونية الإعدادية منها والثانوية. قد تم إنشاء الشعبة العصرية في هذه المعاهد وكانت تضم شعبتين هما شعبة الآداب أو الفلسفة وشعبة الرياضيات وكانت الدروس في هاتين الشعبتين تجري بنفس النسق ونفس عدد الحصص المخصصة للغات العربية والفرنسية والإنجليزية وكذلك نفس عدد الحصص بالنسبة للعلوم الصحيحة من رياضيات وفيزياء وعلوم طبيعية ولكن باللغة العربية داخل القاعات وإن كانت الدروس تعتمد الكتب الفرنسية المتوفرة في تلك الحقبة دون وجود لمراجع باللغة العربية.
أوحى لتلامذة الزيتونة بالتقدم لامتحان الباكالورية التونسية الفرنسية اللغة وقد تمكن عدد منهم من اجتياز الباكالوريا بنجاح قبل أن يصدر قرار بمنع الباقين من تكرار العملية وقد تم غلق هذه المعاهد في بداية الستينات من القرن العشرين.
وإضافة إلى الشعبة العصرية بفرعيها كانت هناك الشعبة العلمية وهي تسمية للشعبة التي تعنى بدراسة العلوم الدينية أساسا بالإضافة إلى اللغة العربية والعلوم الصحيحة.وقد لقيت هذه الشعبة نفس المصير وانتهى التعليم الزيتوني عندما وصل إلى أعلى درجة من التطور شهدها على مدى قرون طويلة. تأسست جامعة الزيتونة الحالية بمقتضى القانون عدد 83 لسنة 1987، المؤرّخ في 31 ديسمبر 1987.
وهي تضمّ ثلاث مؤسّسات للتّعليم العالي والبحث هي المعهد العالي لأصول الدين بتونس. والمعهد الأعلى للحضارة الإسلاميّة. ومركز الدّراسات الإسلاميّة بالقيروان.
وتعتبر جامعة الزيتونة أصغر جامعة تونسية من حيث عدد طلبتها إذ طبقا لإحصائيات العام الدراسي 2009 2010 بلغ مجموعهم 1573.