في سنة 998 ميلاديا تولى ابنه جعفر الحكم بعد ان أصابه شلل نصفي وانعم عليه الخليفة الفاطمي الحاكم بأمر الله (996-1021) بلقبي تاج الدولة وسيف الملة واتبع سياسية اكثر استقلالية تجاه الفاطميين . واهتم جعفر بتنظيم بلاطه وسمى له حاجبا ووزيرا وكان يستقبل الشعراء والعلماء ولكن لم تتوفر له صفات ابيه إذ كان كسولا وجشعا ويمكن اعتبار ضعف العائلة الكلبية بدا بحكمه إذ تحالف شقيقه علي مع قبيلة كتامة من البربر ضده ونجح في قمع التمرد ضده واعدم شقيقه وفرض ضريبة مرتفعة على انتاج الحبوب والفاكهة وفي عهده ثارت بلارمو سنة 1019م وعندها عزله والده المريض وعين شقيقه الاكحل أميرا . وكان منح الألقاب من العادات الفاطمية فمنحه الحاكم بأمر الله لقب تأييد الدولة وقد كانت بداية عهده مواجهة مع البيزنطيين إذ قاد بوجونيس حملة ضد النفوذ العربي في صقلية فحصن ريو ووصل بجيشه الى مسينة وتدخل المعز ابن باديس لمساعدة الاكحل وارسل له مراكب وجنود الا ان عاصفة حطمت المراكب وانهزم العرب بالقرب من ريو وفي فترة (1026-1035)تمكن الزيريون والكلبيون من تنظيم غارات متتالية على الاراضي البيزنطية مما دفع بالبيزنطيين الى طلب الصلح .
لكن التحالف بين الزيريين والكلبيينً لم يدم طويلا إذ سرعان ما انهار ، واستعان ابو حفص قائد ثورة صقلية ضد الكلبيين بالمعز بن باديس فارسل له تعزيزات عسكرية وتمكن ابو حفص من هزم الاكحل وإعدامه ، وخلال حكم الكلبيين تواصل النشاط العسكري والتجاري ضد جنوب ايطاليا لكن دون جدوى كبيرة بسبب الاقتتال الداخلي بين العرب وصمود البيزنطيين إذ سقط حكم الكلبيين واستعاد الرومان الحكم وتراجع نفوذ العرب وعندما استولى ألبيشيون على عنابة في الجزائر أعادوا محاولات فتح بلارمو وقد خلدوا هذه المحاولات في شعرهم وفي النقوش المعمارية التي عثر عليها في صقلية التي تواصل فيها الحضور العربي إذ ظل يقيم في مدينة ريو وغيرها من المدن في جنوب ايطاليا عدد من المسلمين حتى بعد انتهاء الحكم العربي .
وتثبت المخطوطات الشعرية التي عثر عليها في السنوات الاخيرة ان امارة الكلبيين عاشت حروبا أهلية بين سنتي 1040 و1052 م .