تزخر معتمدية طبرقة بمقومات فلاحية هامة مثل المساحات الشاسعة من السهول وتوفر 3سدود والعديد من البحيرات الجبلية لكن هذا القطاع يشكو من العديد من النقائص والإشكاليات التي مثلت حجر عثرة أمام تطوره والنهوض به من ذلك المعضلات التي تعاني منها المناطق السقوية وخاصة بمنطقة الفجة التي بلغت تهيئتها حوالي 150ألف دينار، إذ اشتكى العديد من الفلاحين من العطب المتواصل في القنوات وضعف ضخ المياه مما أدى أحيانا إلى إتلاف المحصول وفساده هذا إلى جانب تشتت الملكية وتحول بعض المساحات إلى مناطق سكنية. كما أن عدم تجميع مياه سد وادي الكبير إلى حد الآن كان سببا في عدم استغلال بعض المساحات.مربو الأبقار يشتكون أيضا من غياب نقطة لتجميع الحليب ويتساءلون عن المعدات بالمجمع الفلاحي والتي قدمتها اسبانيا كهبة للفلاحين لتسهيل عملية جمع الحليب مما جعل البعض منهم يقلص في القطيع تجنبا للمصاريف المتعددة،. من جهة أخرى تذمر العديد من مربي النحل من الأزمة الخانقة التي يعاني منها أكثر من خمسين فلاحا وتراجع الإنتاج بشكل غريب وفقدان العديد من بيوت النحل ويعود ذلك أساسا إلى تركيز أعمدة وسائل الاتصالات ذات الضغط العالي ذلك أن النحل ينتقل بواسطة الذبذبات لكن هذه الأعمدة تضيع بوصلتها ليكون مصيرها الموت في عرض البحر هذا إلى جانب مخلفات الحرائق التي اجتاحت الجهة.
وكانت سببا في موت العديد من الخلايا كما أن النقص في عدد الأطباء البياطرة ساهم في مضاعفات لبعض الحيوانات التي تعاني من عدة أمراض وعجز الفلاح عن مجابهة غلاء الأدوية وتضرر البعض من سرقة موشيه خاصة قطيع الأغنام الذي تضرر منه عدد كبير من الفلاحين.