صلاحيات رئيس الجمهورية عادت لتطفو على سطح الخلافات في المجلس التأسيسي, حيث اختلف نواب لجنة السلطة التشريعية والتنفيذية والعلاقة بينهما على بعض الصلاحيات التي يمكن اعطاؤها او سحبها من رئيس الجمهورية مما يهدد المسودة التي عملوا على انجازها لأشهر بالعودة الى نقطة الصفر. وبالرغم من الاتفاق الحاصل على ضرورة ان يكون رئيس الجمهورية حاملا للجنسية التونسية فقط الا ان عديد النقاط الاخرى مثلت محاور اختلاف و مشادات كلامية عطلت سير اللجنة و هدت ما اتفقت عليه سابقا من نقاط
وناقشت لجنة السلطة التنفيذية والتشريعية والعلاقة بينهما الفصل 47 والذي ينص على ان «رئيس الجمهورية هو رئيس الدولة يمثل وحدتها ويضمن استقلالها وإستمراريتها ويسهر على إحترام الدستور والمعاهدات وحقوق اانسان. يتمتع رئيس الجمهورية أثناء ممارسة مهامه بحصانة قضائية, كما ينتفع بهذه الحصانة القضائية بعد إنتهاء مباشرته لمهامه بالنسبة إلى الأفعال التي قام بها بمناسبة أدائه لمهامه. ويجوز لرئيس الجمهورية الجمع بين وظيفته وأي مسؤولية قيادية حزبية» و تمت جملة تنص على ان «يستقيل رئيس الجمهورية نهائيا من الحزب الذي ينتمي اليه» وحضيت بتصويت اغلبية نواب اللجنة ,كما ناقش النواب الفصل 50 والذي ينص على ان «يختص رئيس الجمهورية بتمثيل الدولة وتعيين مفتي الديار التونسية والقيادة العليا للقوات المسلحة وقوات الامن الوطني واعلان الحرب وابرام السلم بعد موافقة مجلس الشعب باغلبية ثلاثة اخماس اعضائه وارسال قوات الى الخارج بموافقة رئيسي مجلس الشعب والحكومة على ان ينعقد المجلس للبت في الامر خلال اجل لا يتجاوز ستين يوما.
واعلان حالة الطوارئ حسب الشروط المبينة بالفصل 52 ,وتوجيه السياسة الدفاعية و الامنية للدولة ويراس المجلس الاعلى للجيوش والمجلس الاعلى للامن الوطني واجراء التعيينات والاعفاءات في الوظائف العسكرية و الامنية العليا والمؤسسات العمومية الراجعة بالنظر الى وزارة الدفاع بموافقة رئيس الحكومة وبعد اخذ راي اللجنة البرلمانية المختصة وفي صورة عدم ابداء الراي في اجل 20 يوما يعتبر ذلك قبولا ضمنيا ,وتضبط الوظائف العليا بالقانون ,وتعيين رئيس جهاز المخابرات العامة بعد اخذ راي مطابق لاغلبية اعضاء اللجنة البرلمانية المختصة ,واجراء التعيينات و الاعفاءات في الوظائف العليا برئاسة الجمهورية و المؤسسات التابعة لها ,وحل مجلس الشعب في الصور التي ينص عليها الدستور ,واسناد الاوسمة».
وتم الاختلاف حول اسناد الاشراف على قوات الامن لرئيس الجمهوية وبالتصويت تحصل اقتراح اسناد الاشراف على قوات الامن ب8 اصوات ,والاكتفاء بالاشراف على الجيش فقط ب8 اصوات كما تم التصويت على «اجراء التعيينات والاعفاءات في الوظائف العسكرية والامنية العليا والمؤسسات العمومية الراجعة بالنظر الى وزارة الدفاع بموافقة رئيس الحكومة» ب8 اصوات و اقتراح حذف موافقة رئيس الحكومة ب9 اصوات. وفي ما يتعلق بتعيين رئيس جهاز المخابرات العامة بعد اخذ راي مطابق لاغلبية اعضاء اللجنة البرلمانية المختصة صوت 9 نواب لفائدة هذا المقترح وصوت 9 نواب ضده .
واستنكرت النائبة سامية عبو العودة الى التصويت على نقاط تم الاتفاق حولها في حين قال النائب ناجي الجمل كل فريق يدون مقترحاته و يجمع التوقيعات ومن خلال ذلك يتم تقديمها الى الجلسة العامة ,اما النائب كمال السعداوي فاقترح الالتزام بالوثيقة النهائية وتقديم مقترحين للنقاط الخلافية ورفعها الى الجلسة العامة