دعا المرصد التونسي لاستقلال القضاء رئاسة الحكومة ووزير الداخلية إلى إعطاء الإذن للمصالح الراجعة لهما بالنظر للتعاون مع الجهات القضائية وتمكين قاضي التحقيق من جميع المعطيات المتعلقة بملف اغتيال الشهيد محمد البراهمي. واتهم مرصد استقلال القضاء وزارة الداخلية والنيابة العمومية "بعدم التعاون مع الجهات القضائية المتعهدة بملف اغتيال الشهيد البراهمي". ويشير المرصد في هذا الصدد ضمن بيان له، إلى امتناع وزارة الداخلية إلى حد الآن عن تقديم الوثيقة التحذيرية حول اغتيال الشهيد البراهمي والتى سبق نشرها بوسائل الإعلام دون أن تقدم إلى السلطة القضائية في نسختها الأصلية من قبل الأطراف المعنية."ولا تزال وزارة الداخلية ممتنعة إلى الآن عن تقديم أية وثيقة تخص الموضوع المذكور" كما يشير نص بيان مرصد القضاء. كما يضيف بيان المرصد أن موقف وزارة الداخلية يؤكد عدم تعاونها مع الجهة القضائية خلافا لما صرحت به سابقا بشأن استعدادها الكامل لوضع كل المعطيات على ذمة القضاء متى طلب منها ذلك". وانتقد مرصد القضاء كذلك النيابة العمومية بالمحكمة الابتدائية بتونس وأكد أنها "لم تأذن بفتح تحقيق مستقل في الوثيقة "التحذيرية" حول اغتيال البراهمي خلافا لما صرح به وزير الداخلية". في المقابل دعا المرصد جميع الأطراف المعنية بقضية الاغتيال إلى مراعاة سرية التحقيق وإعطاء الأولوية للحقيقة القضائية والحرص على التعاون مع القاضي المتعهد في إطار ما خوله القانون والمبادرة دون تأخير بمد الجهة القضائية بعناصر الإثبات المتصلة بقضية اغتيال الشهيد محمد البراهمي.
