ودعت المنظمة، في تقريرها حول انتهاكات حقوق الإنسان إبان النزاع في ليبيا، المجلس الوطني الانتقالي، الذي يقود الثوار ويسعى لتشكيل حكومة جديدة في ليبيا، بعد دخول مقاتليه إلى طرابلس، إلى "تشديد قبضته على الجماعات المسلحة المناهضة للقذافي، ووقف الهجمات الانتقامية، وعمليات القبض التعسفي. وكشفت "أمنستي"، في تقريرها المكون من 107 صفحات، بعنوان "المعركة على ليبيا: أعمال القتل وحالات الاختفاء والتعذيب"، النقاب عن أنه "بينما ارتكبت قوات القذافي جرائم بمقتضى القانون الدولي على نطاق واسع، ارتكبت القوات الموالية للمجلس الانتقالي انتهاكات، ترقى في بعض الحالات إلى جرائم حرب."